Церковь Рождества Богородицы была выстроена в 1396 году. А в 1480 году эта церковь, надстроенная над храмом Святого Лазаря, внезапно обрушилась и находилась в таком положении до 1514 года.

Сам Иван Третий умер в 1505 году и на престол встал его сын – князь Василий Третий. Если он и знал про библиотеку своего отца, то не предпринял для её спасения ничего, так как был не в ладах с отцом и жил со своей семьёй отдельно. Те же, кто был более осведомлен об этом вопросе: сама Софья, её брат Андрей и прочие уже умерли и не могли ничего сообщить о её местонахождении.

В 1514 году князь Василий решил восстановить церковь Рождества Богородицы. Началось строительство под руководством архитектора Алевиза Фрязина. Во время восстановительных работ были обследованы и подвалы церкви Святого Лазаря, засыпанной обломками. Тогда же были обнаружены и глухие сводчатые подвалы, где обнаружились сложенные в лари древние книги, лежавшие там без всякой надобности. Книги были в страшной пыли, они ведь хранились не в сундуках, а открыто. Но они были целы, так как в подвале было сухо, и лишь с потолка сыпалась сероватая каменная пыль. Книг было очень много, поскольку там они собирались со времён Дмитрия Донского.

Когда библиотеку показали князю, то он приказал найти учёного человека, способного перевести несколько богослужебных латинских и греческих книг на русский язык. В том же году были посланы в Европу грамоты с просьбой, найти и прислать такого учёного человека. И такой действительно нашёлся, его звали… Максим Грек. Он прибыл в Москву в 1518 году. Когда его препроводили в подвалы и показали книги, он воскликнул: «Государь! Вся Греция не имеет ныне такого богатства!»

Естественно, что Василий Третий поручил ему работу по восстановлению порядка в книжном хозяйстве и переводу избранных трудов. То есть он стал первым на Руси библиотекарем. Трудился Максим Грек в княжеской библиотеке 8 лет. За это время он, кроме всего, составил и каталог находившихся в библиотеке книг. Каталог тот до сих пор не найден, поскольку, скорее всего он хранился в архиве Ивана Грозного, который тоже исчез. Переводами он тоже занимался. За полтора года он перевёл «Толковый Псалтырь», причём работал не один, а с тремя помощниками. Затем он перевёл «Триоди».

Князя Василия, прежде всего, интересовали церковные и богослужебные книги. Большинство прочих книг привезённых Софьей, его просто либо не интересовали, либо языки на которых они были написаны, Греку не был известны. Так продолжалось до 1526 года. Неизвестно за какие прегрешения, но библиотекарь попал в опалу и был сослан в Псковский монастырь и заключён в келью. Поскольку заниматься книгами стало некому, а своих грамотеев не хватало, то князь приказал вновь замуровать подвал с совершенно бесполезными книгами, что и было незамедлительно сделано. Со временем про подвалы все позабыли и не вспоминали аж до 1553 года.