К этому времени относится создание по инициативе Канариса подразделения специального назначения, которое впоследствии получило название «Батальон особого назначения Бранденбург-800». Этот батальон назывался также «передовым отрядом» и предназначался для использования во время войны небольшими группами в интересах разведки и контрразведки, захватывать переправы, аэродромы, железнодорожные узлы и другие важные объекты, удерживать их до подхода сил армии. Группы батальона должны были проникать в тыловые районы войск противника, вести разведку, совершать диверсии и террористические акты. Секретная служба батальона занималась так называемой агентурной подготовкой районов предполагаемого действия немецкой армии. С этой целью перед вторжением войск в страну, которая была намечена очередной жертвой гитлеровской агрессии, направлялись специально подготовленные разведчики и диверсанты. Они проникали в наиболее важные районы и насаждали там свою агентуру из числа местных жителей или специально засланных туда людей.

Зондерфюрер Янке и майор Хиппель, который впоследствии командовал батальоном «Бранденбург-800», непосредственно занимались формированием этой части и созданием ее секретной службы. Поручая это дело Янке, руководители абвера, безусловно, учитывали его опыт в организации диверсионно-подрывных акций в Рурской области в 1923 году. Янке организовал секретную службу при батальоне и осуществлял агентурную подготовку для нападения в таких странах, как Бельгия, Голландия, Франция и Польша. Канарис был весьма доволен Янке, так как его агентура оказала неоценимую помощь армии во время вторжения в эти страны. Действия батальона в указанных странах были высоко оценены командованием гитлеровской армии. Вскоре было создано еще несколько таких батальонов, которые были объединены в полк «Бранденбург-800». Гитлер готовился к нападению на СССР, и одного батальона особого назначения ему, надо полагать, было недостаточно.

К числу заслуг адмирала Канариса перед фашистской разведкой Янке относил то, что шефу абвера удалось расширить деятельность своего ведомства, поднять его авторитет и включить в него разведки, которые до него действовали раздельно. Кроме того, он поставил дело так, что немецкие фирмы и организации, работавшие за границей, представляли в абвер весьма солидную информацию. За счет использования служащих этих организаций в шпионских целях возможности абвера резко возросли.

Активизация деятельности абвера, расширение сферы его действия, рост его количественно привели вначале к соперничеству, а затем к конфликту с ведомством Гиммлера. В этом конфликте Гиммлеру удалось одержать верх. Предлогом послужил заговор против Гитлера 20 июля 1944 года, в котором был замешан ряд офицеров и руководящих чинов абвера. В августе был арестован Канарис, которому также инкриминировали соучастие в заговоре. Абвер перешел в подчинение главному управлению имперской безопасности.