Очевидно, Меркулову предъявили следующий фрагмент допроса Берии от 16 июля 1953 года: «ВОПРОС: Почему архивные документы, принадлежащие ЦК КП(б) Азербайджана], находились в вашем личном распоряжении, кто их изъял?

ОТВЕТ: Я просил изъять, но кто их изымал из архива ЦК КП(б) [Азербайджана], не могу сказать, так как не помню. То, что я хранил эти документы лично у себя, это я поступил неправильно, изъял их потому, что боялся, как бы их не уничтожили бывшие руководители ЦК КП(б) Азербайджана, которые впоследствии были разоблачены как враги. Они вели против меня травлю в бытность мою секретарем [Закавказского] крайкома.

ВОПРОС: Вам предъявляется обложка из этого вашего архива, хранившегося у вас, на которой учинена следующая запись: «Личный архив № 2 товарища Берия (дела по Баку), вскрыть только по личному распоряжению товарища Берия» (подпись неразборчива). Кто учинил эту запись и чья эта подпись?

ОТВЕТ: Эта запись учинена Меркуловым, и это же его подпись. Меркулов работал замнаркома внутренних дел. Оформлял он эти документы потому, что я ему доверял, кроме того, Меркулов в 1938 году помогал мне в составлении объяснения в ЦК ВКП(б) на имя Сталина по вопросу о моей службе в контрразведке». Поскольку Меркулов, очевидно, не помнил, где хранились эти документы, можно предположить, что к 1953 году они были либо утеряны, либо, что более, вероятно, уничтожены по приказу членов Президиума ЦК сразу после ареста Берии, когда уничтожались скопом все документы личного архива Берии, из опасения, что там может находиться компромат на руководство партии и страны.

Вероятно, папка с документами, касающимися службы Берии в муссаватистской контрразведке, так и не была найдена. Либо тот факт, что она все же была найдена, на следствии не оглашался, и впоследствии она была уничтожена.

Хрущев утверждал: «Спустя какое-то время после ареста Берии встал вопрос о Меркулове, который в то время был министром Госконтроля СССР. Я, признаюсь, раньше с уважением относился к Меркулову и считал его партийным человеком. Он был культурным человеком и вообще нравился мне. Поэтому я сказал товарищам: «Тот факт, что Меркулов являлся помощником Берии в Грузии, еще не свидетельствует о том, что он его сообщник. Может быть, все-таки это не так? Ведь Берия занимал очень высокое положение и сам подбирал себе людей, а не наоборот. Люди верили ему, работали с ним. Поэтому нельзя рассматривать всех, кто у него работал, как его соучастников по преступлениям. Вызовем Меркулова, поговорим с ним. Возможно, он нам даже поможет лучше разобраться с Берией». И мы условились, что я его вызову в ЦК партии. Вызвал я Меркулова, сообщил, что нами задержан Берия, что ведется следствие. «Вы много лет с ним проработали, могли бы помочь ЦК». «Я с удовольствием, – говорит, – сделаю все, что смогу». И я ему предложил: «Изложите письменно все, что сочтете нужным».