Разработка «Концепции реформы уголовно-исполнительной системы (УИС) до 2020 года» была завершена в том же 2009 году.
К 2020 году в России появятся три вида тюрем – общего, усиленного и особого режима, где будут раздельно содержаться совершившие тяжкие преступления в первый раз, рецидивисты и особо опасные преступники соответственно. При этом неопасных преступников планировалось содержать в колониях-поселениях. Разработчики реформы УИС планировали, что за десять лет в России будет построено более 400 тюрем. В идеале после окончания реформы в стране должно было остаться лишь два вида исправительных учреждений – тюрьмы и колонии-поселения без «барачного» содержания заключенных.
Начальник Московского уголовного розыска (МУР) полковник полиции Александр Трушкин, считающийся одним из ближайших соратников министра внутренних дел Владимира Колокольцева, подал рапорт об отставке. Официальная причина – плохое состояние здоровья. Однако, по мнению многих, настоящей причиной увольнения главного столичного сыщика стал его конфликт с главой ГУ МВД по Москве генерал-майором Анатолием Якуниным.
Как утверждают источники, взаимоотношения офицеров Якунина и Трушкина не сложились сразу же, в частности, им не понравилось, что начальник главка приказал всем без исключения сотрудникам московской полиции носить форму в здании ГУ МВД на Петровке. Так как оперативники по понятным причинам в форме обычно не ходят, после приказа им приходится по нескольку раз в день переодеваться. Не вызвала понимания у сыщиков и попытка заставить их участвовать в строевых смотрах (впрочем, она не прижилась), спортивных и общественных мероприятиях. Но основной причиной конфликта между господами Трушкиным и Якуниным стало недовольство начальника МУРа тем, что его сотрудников буквально завалили бумажной работой, не оставив времени на оперативную.