В феврале 2014 года именно Шестая служба задержала руководителей Главного управления экономической безопасности и противодействия коррупции (ГУЭБиПК) МВД Дениса Сугробова и Бориса Колесникова, последний покончил с собой.

Следующими громкими уголовными делами, в которых были задействованы сотрудники УСБ, стали расследования в отношении губернатора Сахалина Александра Хорошавина, которого обвинили в получении взятки. Подчиненные генерала Королева занимались разработкой в отношении губернатора Коми Вячеслава Гайзера и еще почти 20 человек. Впервые в российской истории глава региона (Гайзер) был объявлен руководителем ОПГ.

Осенью 2015 года сотрудники УСБ начали следить за питерским бизнесменом Дмитрием Михальченко, а в марте 2016-го он был задержан, ему было предъявлено обвинение в контрабанде алкоголя.

Прослушка Михальченко выявила все его деловые связи.

Дело Михальченко – не единственный случай контрабанды, которым занимается УСБ. В конце 2015 года управление заинтересовалось делом компании ULS Global. Среди фигурантов расследования оказался начальник 7-го отдела управления «К» (оно занимается контрразведывательным обеспечением в кредитно-финансовой сфере) Службы экономической безопасности ФСБ Вадим Уваров.

Позднее, 26 июля, оперативники ФСБ вместе с сотрудниками Следственного комитета неожиданно провели обыски в доме и кабинете руководителя ФТС А. Бельянинова, а также его подчиненных. Эти следственные действия прошли в рамках дела Михальченко. Бельянинов остался в статусе свидетеля, однако позже был уволен.

Связь с Михальченко отразилась на карьере одного из наиболее высокопоставленных силовиков страны – директора ФСО Евгения Мурова, который несколько лет работал вместе с партнером Михальченко по бизнесу Николаем Негодовым в региональном управлении ФСБ. Муров, Михальченко, Негодов жили в одном поселке на берегу Валдайского озера в Новгородской области.

В конце мая решением президента Муров был отправлен в отставку. Позже, в июне, своего поста лишился глава управления «К» (входит в структуру СЭБ) Виктор Воронин, непосредственный начальник Уварова. Отставка Воронина произошла по итогам внутренней проверки, которую в СЭБ проводили сотрудники УСБ.

Вскоре за первой ревизией Управление собственной безопасности начало повторную проверку. По ее завершении в отставку ушел глава СЭБ Юрий Яковлев. Еще за несколько недель до отставки Яковлева основным претендентом на его место стал Королев, именно он и был назначен 8 июля руководителем СЭБ. Пока в Службе экономической безопасности шли проверки, оперативники УСБ продолжали заниматься резонансными делами. В конце июня был арестован по подозрению в получении взятки губернатор Кировской области Никита Белых. Оперативным сопровождением дела занималась Шестая служба УСБ, а курировал дело заместитель Королева – Феоктистов.