16 сентября 1792 г. по выходе из пролива Блай обнаружил группу неизвестных островов, которые он тут же объявил собственностью его величества короля Георга III, назвав их архипелагом Кларенса в честь третьего сына британского монарха.

После коротких остановок на Тиморе, а потом на острове Святой Елены в Атлантическом океане корабли Блая пришли на Ямайку, где выгрузили хлебные деревья. 15 июня Блай, покинул Вест-Индию, взяв курс к Англии. Экспедиция закончилась в Дептфорде 7 августа 1793 г.

Для Флиндерса плавание на «Провидении» было серьезной школой. В Библиотеке Митчелла в Сиднее хранится фотокопия дневника, который вел. Флиндерс во время плавания. Записи в нем свидетельствуют не только о юношеской восторженности Флиндерса, который в семнадцать лет принял участие в серьезной морской экспедиции к далеким, малоизвестным землям, но и о наблюдательности, вдумчивости — качествах, редких для человека его возраста.

За время отсутствия Флиндерса события в Европе развивались весьма стремительно. Размах революции во Франции напугал европейских монархов, которые образовали первую вооруженную коалицию против революционной Франции. Когда Флиндерс вернулся в Англию, революция во Франции достигла кульминации. В январе 1793 г. был казнен Людовик XVI, в июне власть в стране перешла к якобинцам, была выработана самая демократическая из буржуазных конституций (которую, однако, не удалось ввести в действие). В антифранцузскую коалицию кроме Австрии и Пруссии вошли Великобритания, Нидерланды, Испания, Сардинское, Неаполитанское королевства и др.

Через месяц после возвращения на родину Флиндерс поступил на службу на судно «Беллерофон», которым по-прежнему командовал Томас Пэсли, уже в чине контр-адмирала. Это судно прославилось впоследствии не столько участием в морских сражениях с французским флотом, сколько тем, что на нем находился Наполеон, сдавшийся англичанам после Ватерлоо.

«Беллерофон» входил в эскадру под командованием лорда Хау, крейсировавшую в Ла-Манше. Ее задачей являлось обнаружение и уничтожение французских судов, перевозивших продовольствие из Америки во Францию.

28 мая 1794 г. лорд Хау выслал четыре корабля своей эскадры — «Беллерофон», «Мальборо», «Рассел» и «Громовержец» — под общим командованием Пэсли остановить французские суда. Основное сражение произошло 1 июня; в историю британского военно-морского флота оно вошло под названием «Славное Первое июня».

Флиндерс проявил в первом в своей жизни морском бою хладнокровие и бесстрашие. Но на этом карьера Флиндерса как боевого офицера и закончилась. В сражении был тяжело ранен его покровитель контр-адмирал Пэсли: ему ядром оторвало ногу. Впоследствии Пэсли служил только на берегу и, хотя был произведен в вице-адмиралы, утратил прежнее влияние на флоте.