Один за другими города, порученные бывшим сподвижникам Отрепьева, отложились «царю Дмитрию». Василий Шуйский пытался было собрать войско для карательного похода, но тут в Московии появился Иван Болотников. Прибыл он из Речи Посполитой, где встречался с Молчановым. Этот последний, очевидно, и снабдил его письмом от «царя Дмитрия» с указанием вернуть престол сыну Иоанна Грозного. С письмом Болотников явился в Путивль, куда Шуйский назначил воеводой одного из сторонников Отрепьева, князя Шаховского. Не будучи слишком искусен в военном деле, князь немедленно признал Болотникова царским воеводой и подчинил ему свой гарнизон. К повстанцам тут же примкнули «царевич Петр» со своими казаками и еще множество народа: от крестьян, мечтавших стяжать наживу и перейти в воинское сословие, и запорожских казаков, рассматривавших новую войну как очередной набег на чужие земли, до боярских детей, стремившихся продвинуться при новой власти. Войско двинулось на Москву.
Один за другим на сторону восставших перешли Елец, Тула, Рыльск и другие города. Под Кромами Болотников наголову разбил вчетверо превосходящее его отряд пятитысячное царское войско, а чуть позже, под Ельцом, обратил в бегство царскую рать под командованием князя Воротынского. В ноябре «гетман царя Дмитрия и боярин царевича Петра», как официально именовал себя Болотников, вновь одержал победу над царскими войсками и подступил к Москве.
Сложно сказать, что заставило Василия Шуйского в этот критический момент поручить руководство обороной столицы молодому князю Михаилу Скопину-Шуйскому. Скорее всего, просто разбежались стоявшие у его трона приспешники. Решили, что царю Василию, прозванному Шубником, пришел конец, и не осмелились выступать против грозной силы, имевшей все шансы захватить власть. Даже родные братья где-то «затерялись». А вот Скопин-Шуйский остался. И взялся защищать город.
Конечно, он был небесталанным военачальником, но не это оказалось главным. Была в нем уверенность человека, ощущавшего себя вправе повелевать тысячами людей, карать и миловать, посылать на смерть за святое дело, за свою страну. Именно этого не хватало терзаемой смутой стране.
Он разбил «воров», прорвавшихся в Замоскворечье, а потом нанес решающее поражение Болотникову при деревне Котлы. Как рассказывал Крапивину Федор, при Скопине войско ожило, снова поверило в себя и в командиров, опять было готово сражаться.
Разбитый Болотников заперся в Костроме, а победитель… оказался затерт спешно вернувшимися к трону знатными родственниками царя. О подвигах юного героя забыли. Во главе армии встали те, кто по родовитости и положению при дворе превосходили Скопина, а значит, им на роду было написано начальствовать над ним. Добивать Болотникова царь поручил тому, кому это было «положено по чину», — своему брату Ивану Ивановичу Шуйскому, бестолковое и неуверенное руководство которого привело к тяжелейшему поражению царских войск и позволило Болотникову вырваться из Калуги.