В городе между тем разгорались уличные бои. Полиции и гражданских властей не было видно, а военные первое время пребывали в полной растерянности. Телефонная связь не действовала, посланных вестовых перехватывали по дороге. Контакты с внешним миром поддерживали только через радиостанцию на Русском острове, с которым наладили эстафетную сигнальную связь.
Губернатор Толмачев, объявив город на осадном положении, спешно покинул свой особняк, вскоре обложенный революционерами. Губернаторский дом обороняли уссурийские казаки конвойной полусотни и жандармы крепостной команды. После жестокого боя они были вынуждены сдаться. Ожесточенные сопротивлением дружинники расстреляли их во дворе резиденции. В числе погибших был ротмистр Голявин. Восставшими были заняты Морское собрание, военно-окружной суд, полицейское управление. Между тем губернатор Толмачев сумел прорваться на вокзал, взятый под охрану железнодорожным батальоном. Губернатор заявил, что отбывает в Никольск, чтобы откуда продолжать в спокойной обстановке управлять областью, состоявшей, разумеется, не из одного Владивостока. Однако поезда уже не ходили. Тогда Толмачев потребовал предоставить ему эсминец. Для эвакуации губернатора и семей высших чинов был выделен старый миноносец "Тревожный". В его крошечной кают-компании неожиданно оказались бок о бок Софья Федоровна Колчак и Анна Васильевна Тимирева, вынужденные терпеть совместное, к счастью недолгое путешествие.
На тот же миноносец поднялся и генерал-лейтенант Турбин. Теперь он был даже рад, что не исполняет должности коменданта крепости, а только командующего 5-м Сибирским корпусом. Поскольку две из трех дивизий корпуса находились вне Владивостока, охраняя побережье залива Петра Великого, а с 3-й Сибирской дивизией происходило что-то непонятное, то Турбину, естественно, надлежало выехать туда, где он смог бы наладить управление оставшимися у него войсками. Затем, как объяснил Турбин штабным офицерам, 1-я и 2-я дивизия двинутся усмирять мятежников с севера - от Раздольной и Шкотова через полуостров Муравьева. "Тревожный" переправил обоих генералов вместе с остальными беженцами через Амурский залив в Славянскую бухту, откуда они отправились на автомобилях в Никольск.
Во Владивостоке командование всеми правительственными силами перешло таким образом к коменданту крепости контр-адмиралу Тимиреву. У него, при штабе крепости, было под рукой всего две дежурные полуроты 12-го Сибирского полка, рота морских стрелков, конвойная сотня уссурийских казаков и солдаты железнодорожного батальона. Однако по-настоящему Тимирев мог рассчитывать только на матросов военной флотилии. Еще недавно бухты Владивостока были переполнены кораблями, но сейчас здесь остались лишь слабовооруженные суда минно-тральных отрядов, буксиры, катера, несколько транспортов, да дивизион подлодок АГ. Самыми сильными кораблями были два 1200-тонных эсминца, которые первыми вернулись из боя - "Сокол" и "Самсон".