Хотя пятого сентября на встрече в Хартуме представителей Переходного правительства и Организации исламских судов было договорено перемирие, оно не соблюдалось. Уже восемнадцатого сентября, глава Переходного правительства Сомали Абдулах Юсуф был подорван смертником, за которым стояла скорее всего Организация исламских судов.

В итоге единственным городом где смогли удержатся до декабря полевые командиры стал город Баидоу, где находился контингент эфиопских войск. Четвертого декабря шестого года Баидоу был окружен, а двенадцатого декабря Организация исламских судов потребовала от полевым командиров, контролировавших город сложить оружие.

В этих условиях, единственной силой, способной противостоять Судам и их влиянию, быстро распространяющемуся уже за пределы Сомали — стала Эфиопия. Армия этой страны была перевооружена новейшим российским вооружением, согласно секретному соглашению — Россия взяла на себя обязательство переподготовить армию Эфиопию для ведения современной войны. В Эфиопию — были направлены бывшие и действующие бойцы российских войск спецназначения, летчики, специалисты по борьбе с партизанской войной. Под давлением США, Эфиопия являвшаяся традиционным противником Сомали, увеличило в декабре численность миротворческого контингента в Сомали до десяти тысяч штыков.

Уже в последних числах декабря две тысячи шестого года — ситуация на фронтах кардинальным образом изменилась. Двадцать четвертого декабря армия Эфиопии, действуя под прикрытием авиации, управляемой в основном российскими летчиками — нанесла удары на Белетвейн и Бандирадлей и двадцать пятого декабря захватила их, тогда как город Буулобарде был захвачен силами местного полевого командира Переходного правительства. Не исключено, что в боевых действиях принимали участие и самолеты ВВС США. Уже двадцать девятого декабря — эфиопские войска ворвались в Могадишо. Пятого января — пал Кисимайо. В течение января седьмого года пали Харардере и Хобьё. Руководители Союза Исламских судов шейх Хассан Дахир Авейса, шейх Шериф, шейх Ахмад, и Абдарахман Янакоу провозгласили джихад до победы и объявили о намерении вести партизанскую войну против захватчиков. На базе Союза исламских судов — была создана террористическая организация Аль-Шабааб, которая провозгласила целью освобождение Сомали в результате террористической войны. Полевые командиры после победы вернулись к своим разборкам а в стране, замиренной силой — пышным цветом стало расцветать пиратство, потому что никакой работы не было…

Двадцать пятого декабря две тысячи девятого года Эфиопия вывела свои войска из Сомали. На следующий же день — боевики Аль-Шабаб захватили Байдоа, расквартированные там силы перешли на сторону боевиков. Моментально смекнув, что к чему, Переходное правительство пошло на переговоры и уже тридцать первого января — в Могадишо был приведен к присяге новый президент, Шариф Шейх Ахмед, умеренный исламист. Практически сразу после этого — он заявил о намерении ввести в стране законы шариата — однако, исламисты их и так уже ввели, захватив к весне весь юг страны. Седьмого мая — исламисты атаковали Могадишо, но взять город не смогли. В это же время — ударный самолет АС-130 ВВС США атаковал два дома в Сомали, где по данным ЦРУ США проживал шейх Хассан Абдуллах Херси, глава Союза исламских судов. Переходное правительство продолжало функционировать — но вооруженные силы его были так слабы, что власть держалась только на солдатах миротворческих сил. Кроме них, единственной реальной силой в стране были только пиратские кланы — пока недостаточно сильные, чтобы взять под контроль всю страну, но достаточно сильные, чтобы их оставили в покое и дали заниматься тем делом, которым они занимались. Аль-Шабаб продолжил террористическую кампанию, взрывы гремели и в Могадишо и по всей стране. Начались похищения людей.