У Пизы время для войны было неподходящим. Республика контролировала побережье Тосканы и монополизировала торговлю морем в центральной Италии, ведущие тосканские города (Флоренция, Пиза, Сиена, Лукка, Ареццо, Вольтерра) как раз поделили территорию бывшего маркграфства Тосканского, но результатом стала война с местными сеньорами и городами помельче, а параллельно споры между участниками конвенции о границах. Флоренция и Лукка, поддержанные новым папой римским Иннокентием III, получившим тиару в январе 1198 года, о нем мы еще поговорим, объединились с Генуей и Сицилией против Пизы и Сиены, ориентировавшихся на германских императоров, ныне, как выше сказано, отвлеченных от Италии.

Борьба на суше разгоралась постепенно, а блокада морских путей лишала Пизу доходов сразу, отчего и реакция на нее оказалась быстрой. Уже весной 1196 года, пизанская эскадра атаковала Мессину, контролировавшую пролив между Сицилией и Италией. Порт взяли и разграбили, но подошедший венециано-сицилийский флот запер корабли противника в гавани, а рыцарское ополчение островитян ворвалось в город. После недели уличных боев, победу одержали хозяева.

Как только вести о поражении Пизы достигли Лигурии, генуэзский десант высадился на Корсике, а на Сардинии дружина Гуга I Арборейского, усиленная добровольцами из Арагона и Генуи, приступила к покорению соседей. Пизанцам стало не до Леванта, пришлось перебрасывать флот и войска на более близкие острова.

После смерти Альфонса II Арагонского в 1196 году, его наследник Педро II усилил арагонский контингент на Сардинии и Арборея успешно раздвигала границы, Гуг I принял титул короля Сардинии, пожалованный его отцу Фридрихом I Барбароссой, но утраченный. В 1198 году флот Пизы наголову разгромил генуэзцев у Корсики и вновь попробовал прорвать сицилийскую защиту. Удалось взять и разграбить Палермо, затем прорваться Мессинским проливом и осадить Бари, но вновь подоспели венецианцы и корсары сицилийского адмирала Маргарита, ныне графа Мальты, ставшей пиратским гнездом, в морском сражении одержавшие победу.

К концу века, после укрепления позиций Генуи на Корсике и в Арборее — захватившей южный берег Сардинии, генуэзцы освоили через эти порты дорогу к Сицилии, где закупались для Европы товарами востока. Пиза, в промежутках между рейдами, использовала в качестве «оптового рынка» материковую часть соседнего королевства (в основном Неаполь), но республика превратилась в тупик. Везти товар на север сушей, через враждебные Флоренцию или Лукку, или на запад мимо Генуи, стало рисковой затеей при мощнейшей конкуренции, отчего товарооборот Пизы катился вниз.