Как утверждают некоторые военные историки, переселение немецких специалистов началось еще в 1942 году. Этим переселением и проверкой контингента переселенцев руководили СС и местные отделения Гестапо. В самом конце войны в порту немецкого Киля и в норвежской базе Кригсмарин подлодки «зондерконвоя фюрера» загрузили контейнерами с различными грузами. Кроме того, субмарины приняли на борт пассажиров — числом в несколько сотен, которым последними было суждено стать жителями «Новой Швабии» и «Базы 211». Часть подлодок демонстративно интернировалась в нейтральных портах. Сам фюрер и некоторые особо ценные люди Третьего рейха ушли из Рюгенвальда (польский порт Дарлово сегодня) на пяти самых совершенных подлодках серии UF в глубочайшей тайне.

Летом 1945 года в Аргентинский порт Мар-дель-Плата пришли и сдались четыре подлодки, номера «U530», «U977», «U465», «U534» из состава «зондерконвоя фюрера». Капитаны кораблей давали показания, что в самом конце апреля 1945 года они вышли из Киля с грузом и людьми для Южной Америки. В Мар-дель-Плата они пришли вынужденно без пассажиров и груза, без еды и на последних литрах топлива. Где они выгрузили груз, если он был, где сошли на берег пассажиры и были ли они, капитаны не сказали.

В самом конце войны народному комиссару военно-морского флота СССР адмиралу Николаю Кузнецову были направлены разведкой десять экземпляров немецких подводных карт для «организации запланированной работы и выработки предложений».

После разгрома фашистских войск начальник Главного управления контрразведки «СМЕРШ» Виктор Абакумов получил предписание «сориентировать оперативных работников контрразведки в советских оккупационных зонах в Европе с целью поиска (получения) любой оперативно-технической информации, касающейся деятельности германского подводного флота и „зондерконвоя фюрера“ по транспортировке людей и ценностей в южноамериканские страны и в Антарктиду». Одновременно предлагалось принять меры к аресту и этапированию особо важных свидетелей и очевидцев, других участников подобных операций, способных предоставить четкую и подробную информацию в этой области.

Вслед за наступающими частями в военно-морские базы и приморские города, предназначавшиеся для базирования флота, направлялись специальные опергруппы ОКР «СМЕРШ» КБФ для проведения операций по очистке освобожденных территорий от агентуры противника.

В 1945 г. работа флотских контрразведчиков нацеливалась главным образом на военно-морские базы Германии, а также на Лиепаю и Вентспилс. В захваченных немецких портах организовывались базы Краснознаменного Балтийского Флота. Отделы «СМЕРШ» работали с агентурой из числа немецких моряков и гражданского населения, подготавливая прием захваченных кораблей ВМФ Германии, которые перегонялись англичанами с помощью пленных немецких моряков с целью передачи в состав ВМФ СССР. Проверяли пленных и, в том числе, искали свидетелей деятельности «зондерконвоя фюрера». Но они не знали про эскадру «А» из примерно ста подлодок, ледоколе «Карморан» и авианосце «Манфред фон Рихтхофен» за предвоенное время и время войны переведённых тайно в Антарктиду.