На территории Российской Империи действовали управления ГПУ, соответствующие административно-территориальному устройству (губернские управления СеПо, Секретной Полиции, они же — Третьи Департаменты ГубУВД), а также особые подразделения Транспортной Жандармерии. В их ведение входили полицейские функции на транспорте и обеспечение бесперебойного функционирования железных дорог и речных путей — включая противодиверсионные мероприятия: охрану мостов, тоннелей, шлюзов и тому подобных стратегических транспортных объектов. За пределами Империи работала не Заграничная Агентура, как раньше, а Особый Департамент МВД "по международным взаимодействиям". Ему были подчинены назначенные при каждом российском посольстве чиновники МВД, номинально отвечающие за "взаимодействие сыскной полиции Российской Империи и соответствующих органов страны пребывания", на самом же деле являющиеся офицерами Жандармского Корпуса. В непременную обязанность им вменялось поддерживать "наивозможно более тесные" связи с чиновниками различных ведомств страны пребывания, которые могли бы при необходимости помочь в освещении проживающих здесь революционеров, а также создание среди оных революционеров надежной агентуры.
В целях координации и централизации в Европе были созданы два главных центра Особого Департамента — Парижский и Швейцарский. Первый должен был работать на территории Франции, Бельгии, Голландии, Англии и Испании. Швейцарский центр освещал революционеров, действующих с территорий Швейцарии, Германии, Австро-Венгрии и Италии. Два малых центра — в Копенгагене (против Дании, Норвегии и Швеции) и Константинополе (против Турции).
Центры, как большие, так и малые, включали двух или трех чиновников МВД под дипломатическим прикрытием (