Важным преобразованием страны стала секуляризация[50] и церковная реформа.

Церковь в России по-прежнему являлась одной из самых мощных, сравнимой с дворянством, сил: гигантское влияние на людские души, шестьдесят тысяч монахов, священников и других служителей, сотни тысяч зависимых крестьян, колоссальные богатства, многие тысячи церковных приходов и почти тысяча монастырей. К девяностым годам семнадцатого века количество беломестных (свободных от налога) церковных земель стало серьезно снижать доходы государственной казны. Реформу предложили мастерградские советники русского царя. После длительных колебаний усиливший собственную власть и авторитет царь Петр решился на изъятие земель на шестьдесят лет раньше, чем его потомки в известной мастерградцам истории. Имения церкви, а также монастырей, приходов и епархиальных кафедр передавались в государеву собственность. Крестьяне, проживавшие в них, освобождались на тех же условиях что и в остальных государевых поместьях. Более тридцати процентов крестьян в России стали лично свободными, а для оставшихся крепостная зависимость сильно уменьшилась. В Юрьев день они могли перейти к другому землевладельцу, податься в город или отправиться на вольные земли в сибирские или причерноморские окраины царства. Церковные дела отделялись от государственных. Иерархам церкви запретили казнить или арестовывать как мирян, так и духовных лиц. Отныне они могли подвергать только церковным наказаниям: епитимье, расстрижению, максимум анафеме. При церковных приходах учреждались воскресные начальные школы. Трехлетнее образование для всех, включая крестьян, становилось обязательным. При наиболее крупных и важных монастырях: лаврах организовывались семинарии. Церковные учреждения, ранее владевшие землей, разделялись на несколько классов. В зависимости от этого министерство финансов выделяло на их содержание определенную сумму. Лишившись значительных имуществ, церковь роптала, но глухо. Единства среди церковников не было. Землями владели в основном монастыри, они и были прежде всего заинтересованы в сохранении прежних порядков. Совсем иначе было настроено приходское, ничего не имевшие с церковных земель, духовенство. Им пошла часть доходов с бывших монастырских и кафедральных владений и в целом они приветствовали изменения. Более того среди мирян и клира опять стали популярными взгляды «нестяжателей», порицавших церковное землевладение и «стяжание» ею земных богатств. Верующие задавали неудобные вопросы: «Какими землями владели Христос и апостолы?», «Сколько земель было у святых отшельников Фиваиды?» Это напугало руководство церкви. Коллективную жалобу части епископов на «странный образ действий, которого нельзя было бы ожидать даже от басурманского правительства», царь оставил без рассмотрения. Большинство священнослужителей предпочло не спорить с царем, а критики отправились в ссылку или просвещать языческие народы. В итоге церковь смирилась.