Между тем дошли в Якутск посланные на него от служивых людей с дороги челобитные, из которых якутская канцелярия тогда еще предвидела, что на Камчатке между служивыми и Атласовым последует вящее несогласие; чего ради, опасаясь вреда для государственной пользы, писала обо всем в Москву обстоятельно и в 1707 году отравила на его место приказчиком сына боярского Петра Чирикова с 1 пятидесятником, с четырьмя десятниками, с пятьюдесятью человеками рядовых.
А военного снаряда дано ему: две пушки медные, 100 ядер, пять пудов свинца, восемь пудов пушечного пороха. Но как в 1709 году в генваре месяце получены с Камчатки ведомости о худых поступках Атласовых и об отнятии у него команды, то Якутская канцелярия отправила вслед за Чириковым указную память, чтоб ему по делу Атласова учинить следствие, и оное дело прислать на рассмотрение в Якутскую воеводскую канцелярию с выборным приказчиком Семеном Ломаевым, также сборную ясачную казну на 1707, 1708 и 1709 годы.
Однако оная указная память Чирикова не застала в Анадырске и на Камчатку не отправлена, за малолюдством служивых людей в Анадырском остроге, ибо малых людей посылать в тот путь было опасно, для того что по Олюторскому и по Пенжинскому морю дорога от многих изменников занята была, так что они в 1709 году июля 20 числа, невзирая на знатную Чирикову команду, днем напасть на него отважились; бывшего при казне сына боярского Ивана Панютина со товарищи в 10 человеках убили, казну и военную амуницию разграбили, а остальных служивых принудили сидеть в осаде на пустом месте, от которой они 24 числа того ж месяца, учиня вылазку и олюторов счастливо отбив, освободились, потеряв двух человек в сражении, чего ради Чириков, прибыв на Камчатку, не производил следствия, довольствуясь одной командой.
В бытность его учинились два обстоятельства, достойные примечания: 1) несчастливый поход на Большую реку казачьего пятидесятника Ивана Харитонова, который послан был для усмирения тамошних изменников в 40 человеках, ибо изменники, собравшись во многолюдстве, 8 человек убили, а большую часть переранили, чего ради оставшие принуждены были сидеть в осаде недели с 4 и едва спаслись бегством; 2) разбитие на Бобровом море японской бусы, к которой Чириков в 50 человеках сам ходил.
И понеже японцы полонены были немирными камчадалами, которые близ оной бусы жили, то Чириков имел случай четырех бывших у них японцев выручить, ибо изменники, увидев служивых, в бой с ними вступить не отважились, но, оставив японцев, разбежались по лесу. В том же своем походе усмирил он изменников от Жупановой до самой Островной реки и привел в ясачный платеж, как прежде.