«Ты ведь, конечно, интересуешься моей внутренней, душевной жизнью, а не тем, как я устроилась, и хочешь знать, нашла ли я себе то, чего искала, то есть удовлетворения нравственного и спокойствия душевного и т. д. А вот это-то и трудно мне тебе объяснить, именно тебе: ведь если я скажу, что не нашла (это уж слишком скоро), а надеюсь найти, что мне нужно, то надо объяснить, каким путем и почему именно здесь, а не в ином каком месте. Ты же ничего этого не признаёшь, но ты ведь признаёшь, что нужно отречение от всего пустого, суетного, лишнего, что нужно работать над собой, чтоб исправить свои недостатки, побороть слабости, достичь смирения, бесстрастия, т. е. возможного равнодушия ко всему, что может нарушить мир душевный. В миру я не могу этого достичь, это очень трудно; я пробовала отказаться от всего, что меня отвлекает, — музыка, чтение ненужных книг, встречи с разными ненужными людьми, пустые разговоры… Надо слишком много силы воли, чтоб в кругу всего этого устроить свою жизнь так, чтобы ничего нарушающего мой покой душевный меня не прикасалось, ведь мне с тобой равняться нельзя: я самая обыкновенная женщина; если я отдам всё, мне надо к кому-нибудь пристроиться; трудиться, т. е. жить своим трудом, я не могу. Что же я буду делать? Какую я принесу жертву Богу? А без жертвы, без труда спастись нельзя; вот для нас, слабых и одиноких женщин, по-моему, самое лучшее, приличное место — это то, в котором я теперь живу».

Она окончательно ушла из мира в 1891 году, поселившись в Шамординском монастыре, в домике-келье, специально построенном по проекту ее духовника, оптин-ского старца Амвросия. Став монахиней, она не перестала переживать за брата, «…я тебя очень, очень люблю, молюсь за тебя, чувствую, какой ты хороший человек, так ты лучше всех твоих Фетов, Страховых и других. Но всё-таки как жаль, что ты не православный, что ты не хочешь ощутительно соединиться с Христом… Если бы ты захотел только соединиться с Ним… какое бы ты почувствовал просветление и мир в душе твоей и как многое, что тебе теперь непонятно, стало бы тебе ясно, как день!» — писала она ему в 1909 году.

На это Толстой ответил в дневнике: «Да, монашеская жизнь имеет много хорошего: главное то, что устранены соблазны и занято время безвредными молитвами. Это прекрасно, но отчего бы не занять время трудом прокормления себя и других, свойственным человеку».

Толстой не раз бывал в Шамордине, и все монахини, включая игуменью, любили его, несмотря на отлучение его от Церкви. Однажды, посетив сестру в Шамордине, Толстой неудачно пошутил: «Вас тут семьсот дур монахинь, ничего не делающих». Шамординский монастырь был переполнен девицами и женщинами из самых бедных слоев населения, потому что его устроитель Амвросий перед кончиной приказал принимать в него всех желающих. В ответ на шутку брата Мария Николаевна прислала в Ясную собственноручно вышитую подушечку с надписью: «Одна из семисот Ш-х дур». Толстой не только оценил этот ответ, но и устыдился своих необдуманно сказанных слов. Подушечка эта и сегодня лежит на кресле в кабинете Толстого в музее-усадьбе «Ясная Поляна».