Председатели секций ученого совета (Ю. Н. Бабаев, Е. А. Негин, С. Г. Кочарянц и другие) отвечали непосредственно за подготовку и повышение квалификации научных кадров по своим тематическим направлениям. Секциям было предоставлено право принимать к защите кандидатские диссертации и проводить конкурсы на замещение должностей младшего и старшего научных сотрудников.

Система подготовки научных кадров, сложившаяся во ВНИИЭФ при Борисе Глебовиче, в основном сохранилась до настоящего времени. Эта система работала по двум направлениям: аспирантура без отрыва от производства и соискательство ученых степеней. Организационно руководство аспирантами и соискателями проводилось группой (позднее отделом) ученого секретаря. В обязанности этой группы входили изучение потребности ВНИИЭФ в научных кадрах, составление текущего и перспективного планов их подготовки, организация приема в аспирантуру и на звание соискателя, ежегодная аттестация аспирантов и соискателей, составление графика прохождения конкурсного избрания на должности.

К подготовке и повышению квалификации научных кадров Борис Глебович и подчиненные ему руководители относились очень ответственно. Характерно, что в справках очередных комиссий, которые изучали состояние работы с кадрами во ВНИИЭФ, обычно констатировалось отсутствие проблемы с подготовкой научных кадров в институте. Отмечалось, что во ВНИИЭФ есть все условия для формирования и роста специалистов высшей квалификации, этот рост, как правило, обеспечивается непосредственно в процессе основной работы, в институте успешно действуют системы аспирантуры и соискательства.

За период с 1954 по 1964 год во ВНИИЭФ защитили докторские диссертации 20 человек, кандидатские — 63 человека. В плане подготовки научных кадров на 1963–1967 годы ставилась задача подготовки 20 докторов и 87 кандидатов наук. В середине 1960-х годов в аспирантуре без отрыва от производства обучались 76 человек и 155 человек числились как соискатели ученой степени. На 1 января 1969 года во ВНИИЭФ было 83 аспиранта и 380 соискателей, на 1 января 1973 года — 104 аспиранта и 610 соискателей.

К руководству аспирантами и соискателями привлекались не только ученые ВНИИЭФ, но и высококвалифицированные специалисты московских институтов (Л. А. Галин, А. И. Базь, В. С. Владимиров и другие ведущие ученые). Многие сотрудники ВНИИЭФ, обладавшие глубокими знаниями и высокой квалификацией, назначались научными консультантами соискателей. В целях обеспечения более качественной и своевременной сдачи кандидатских экзаменов для аспирантов и соискателей при вечернем институте были организованы курсы иностранных языков и философии.