На основании обращения митрополита Евлогия была назначена экспертиза на предмет выяснения того, кому принадлежат найденные останки. В ноябре 2015 г. комиссия выехала во Владимир, где было проведено предварительное исследование останков.

Изначально была произведена их раскладка, исходя из размеров, цвета и биологического возраста черепов, костей индивидов, после чего останки условно пронумеровали. Выяснилось, что они принадлежат четверым людям: № 1 – женщине в возрасте около 45–50 лет, № 2 – женщине в возрасте около 25–30 лет, № 3 – девочке в возрасте около 9 лет, № 4 – человеку с неустановленным полом (сохранились только три небольших фрагмента заднего отдела свода черепа), возраст которого можно определить от 10 до 40 лет.

После этого, в феврале 2016 г., было назначено комплексное судебно-медицинское и антропологическое исследование. Экспертами, кроме С.А. Никитина, выступили: С.Б. Боруцкая, кандидат биологических наук, доцент, старший научный сотрудник кафедры антропологии биологического факультета Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова, С.В. Васильев, доктор исторических наук, заведующий Центром физической антропологии Института этнологии и антропологии РАН, и С.Ю. Фризен, специалист-антрополог этого же центра. Перед ними поставили задачу ответить на следующие вопросы:

1. Каковы пол и возраст людей, останки которых обнаружены 12 октября 2015 г. в аркосолии южной стены северного Благовещенского придела Успенского храма в Княгинином монастыре Владимира?

2. Являются ли эти люди (№ 1, 2 и 3) родственной группой: «мать – дочери»?

3. Если являются таковой группой, то каков наиболее вероятный регион происхождения матери?

В ходе проведения остеологической экспертизы среди останков четырех индивидов был выделен скелет женщины 45–50 лет, который сразу же стал рассматриваться как принадлежащий Марии – жене Всеволода Юрьевича. На это указывали пол и возраст.

Согласно Лаврентьевской летописи, Мария умерла 19 марта 1206 г. Ее автор донес до нас подробное описание ее похорон в Княгинином монастыре: «Того ж месяца въ 19 день, святого отца Фомы, патриарха Костянтина града. Преставися благоверная великая княгыни Всеволожая именем Мария, бывши въ мнишьскомь чину 18 днии и положена бысть в манастыри своемь в церкви святыя Богородица, юже созда… и погребоша ю с рыданием и плачем великим. Ту сущю над нею князю великому и з детми своими, и епископъ, и игумени, и черньци, и черници, и множство народу. И епископу Смоленьскому и игумену Михаилу Отрочьего монастыря, в то время пришедшема има к великому князю Всеволоду, молится о мире от Мстислава, свата его. Си же блаженная княгыни лежа в немощи 7 лет»[10].