Для мстительного и подозрительного Сталина Полина Жемчужина уже тогда стала персоной «поп grata». Но Сталин умел ждать и тщательно скрывать свои чувства. «Чистки» 30-х годов обошли Полину Жемчужину. Более того, она стала занимать во второй половине 30-х годов ответственные посты в аппарате Совета Народных Комиссаров. Жемчужина некоторое время была заместителем наркома пищевой промышленности, наркомом рыбной промышленности, затем управляла косметической промышленностью, была Главпарфюмером. На XVIII съезде ВКП(б) Жемчужина была избрана кандидатом в члены ЦК.

Жемчужина была еврейкой, и когда во время Отечественной войны в нашей стране был создан Еврейский антифашистский комитет, жена Молотова стала одним из его руководителей, а во главе был поставлен старый большевик и член ЦК ВКП(б) А. Лозовский, занимавший тогда пост руководителя Советского Информационного бюро.

Еврейский антифашистский комитет не был ликвидирован после войны, как все другие антифашистские комитеты (советских женщин, молодежи и другие). Через несколько лет после окончания войны на Ближнем Востоке появилось еврейское государство Израиль, созданное по решению ООН при активном содействии СССР. Советский Союз был первым государством, которое объявило об установлении с Израилем дипломатических отношений. Вскоре в Москве появился посол Израиля Голда Меир. Естественно, что на различного рода приемах, которые устраивало в Москве израильское посольство, присутствовали и члены Антифашистского комитета советских евреев. Голда Меир и Полина Жемчужина не раз беседовали друг с другом.

К этому надо добавить, что у Полины Жемчужиной была родная сестра, которая еще в годы гражданской войны уехала из России. Полина переписывалась с ней до 1939 года. Если Молотову приходилось заполнять анкету, и, в частности, отвечать в ней о «родственниках за границей», то он должен был писать здесь о сестре жены и о племянниках жены, которые теперь жили в Израиле. Хорошие отношения между Израилем и Советским Союзом длились, однако, недолго. В 1948–1949 годах стала набирать силу пресловутая кампания против «безродных космополитов». Начались массовые репрессии против еврейской интеллигенции и ликвидация почти всех еврейских общественных и национальных организаций. В это время для Сталина и наступил удобный момент расправиться с Полиной Жемчужиной, когда-то ближайшей подругой его жены. По мнению Сталина, она знала слишком много. Конечно, на первый план выдвигались другие обвинения.

Жемчужина была обвинена в «измене Родине», в связях с международным сионизмом и т. п. Вопрос о ее аресте обсуждался на Политбюро. После того как Берия изложил данные своего ведомства, все члены Политбюро проголосовали за арест Жемчужиной. Молотов воздержался, но и не выступил с опровержением.