Как бывший гвардейский полковник и столбовой дворянин (о своем дворянстве архиепископ Серафим никогда не забывал и ставил его, по крайней мере, не ниже своего архиепископства. Когда в 1913 г. архиепископ Владимир (Путята), тоже бывший гвардейский офицер, был уличен в тяжких преступлениях и отдан под суд, архиепископ Серафим укорял его: «Владимир, как тебе не стыдно, ты срамишь наше дворянское сословие!»), архиепископ Серафим вообще свысока, если не с презрением, относился к мужику и неучу епископу Варнаве.
Теперь же он не мог стать его защитником еще и потому, что последний был другом и наперсником Распутина, так жестоко обманувшего его радужные надежды. Несмотря, однако, на такие мотивы, которые, по моему убеждению, оказывали влияние на образ действий архиепископа Серафима, я должен сказать, что обвинительная его речь – иначе не могу назвать ее – против Варнавы была и смела, и серьезна. Протопр. А.А. Дернов, как всегда, прямолинейно и резко обвинял Варнаву. Я, соглашаясь с наличностью несомненного преступления Варнавы и необходимостью наказать его, считал, однако, что нельзя не принять во внимание резолюцию государя, который просит Синод о смягчении наказания виновному епископу. Вместе с этим я находил совсем недопустимым, как могущее вызвать большой соблазн, синодальное послание к пастве о недействительности произведенного Варнавою прославления. Митрополиты Питирим и Макарий (Московский) в течение всего заседания не проронили ни одного слова. Прочие члены Синода говорили в примиряющем тоне. Началось голосование. Митрополит Питирим воздержался от подачи голоса. Говорили, что раньше в Синоде такого рода воздержание не практиковалось. Решение Синода было таково: прославление считать недействительным; для нового освидетельствования мощей и проверки сведений о чудесах командировать в Тобольск литовского архиепископа Тихона; епископу Варнаве сделать внушение. Митрополит Питирим не заявил протеста против такого решения. Обер-прокурор приказал спешно заготовить протокол настоящего заседания для скорейшей подписи.
Следующее заседание состоялось чуть ли не на другой день. Когда члены Синода заняли свои места, был подан заготовленный протокол вчерашнего заседания по Тобольскому делу. Но митрополит Питирим заявил, что он не может подписать протокола, так как с решением Синода не согласен и просит выслушать его мнение. Митрополит Владимир совершенно резонно, но очень резко стал доказывать, что дело решено, что митрополит Питирим вчера на заседании мог высказать свое мнение, а не молчать, и, при несогласии с решением всех, вчера же должен был заявить о своем желании подать особое мнение и пр. Учитывая, что отказ митрополиту Питириму в его желании сейчас высказаться будет в Царском Селе ложно истолкован, как пристрастное отношение и к епископу Варнаве и к митрополиту Питириму, некоторые члены решительно высказались за то, чтобы позволено было митрополиту Питириму изложить свое мнение. Митрополит Владимир в конце концов уступил. Митрополиту Питириму было предоставлено слово.