Когда Франческо прибыл в Рим, он обнаружил, что кардинал Эмулио уже заказал истории для залы, а именно передал одну из них Таддео Дзуккеро из Сант Аньоло, одну – Ливио из Форли, одну – Орацио из Болоньи, еще одну – Джироламо Сермонте и другие другим. Сообщив об этом Джорджо и спросив его, следует ли ему продолжать ту, что он начал, Франческо получил от него ответ, что хорошо было бы, если бы одну историю он закончил после стольких сделанных им маленьких рисунков и больших картонов, невзирая на то, что большая часть росписи заказана стольким художникам, значительно худшим, чем он, и что пусть он приложит все свои усилия к тому, чтобы в своей работе как можно больше приблизиться к росписям Буонарроти на стене и своде Сикстинской капеллы, а также в капелле Паолине, ибо, как только увидят его историю, все остальные, мол, будут тотчас же сбиты и вся роспись будет, к великой его славе, целиком заказана ему, и пусть он помнит, что не следует считаться ни с выгодой, ни с деньгами, ни с неприятностями, которые может причинить заказчик, ибо честь куда важнее, чем что бы то ни было. Копии и оригиналы всех этих писем, предложений и ответов находятся в числе прочих писем, которые мы храним в память такого человека, нашего ближайшего друга, а также в числе тех, написанных нашей рукой, которые, вероятно, были обнаружены среди его вещей.

После всего этого Франческо, пребывая в состоянии раздражения, неуверенности, что ему делать дальше, душевной подавленности, телесного недомогания и общей слабости от постоянного лечения, он в конце концов заболел смертельной болезнью, которая в короткий срок свела его в могилу, не оставив ему времени полностью распорядиться своим имуществом. Одному из своих учеников, по имени Аннибале, сыну Нанни сына Баччо Биджо, он оставил шестьдесят скудо, ежегодно выплачиваемых в банке Монте делле Фарине, четырнадцать картин, все рисунки и другие предметы, относящиеся к искусству. Остальные свои вещи он завещал монашке, сестре Габриелле, своей сиделке, хотя я слышал, что она, как говорится, осталась несолоно хлебавши. Все же в ее руки должна была попасть картина, написанная им на серебряной ткани и обрамленная шитьем не то для португальского, не то для польского короля, но завещанная ей, чтобы она хранила ее в память о нем. Все прочее, а именно те должности, которые он покупал после нестерпимых лишений, начисто пропало.

Франческо умер в день св. Мартина, 11 ноября 1563 года, и был похоронен в Сан Джеронимо, церкви, находящейся поблизости от того дома, где он жил.