Герасимов тотчас развернул активную деятельность по наведению порядка в охранном отделении, особое значение придавал изменению подходов к работе с тайной внутренней агентурой в революционных партиях. Проведя чистку в рядах секретных сотрудников, Герасимов взял в свои руки работу с ключевыми агентами в центральных структурах революционных организаций. Их эффективные действия он считал залогом предотвращения террористических актов (эта задача была поставлена перед Герасимовым как первоочередная!) и постепенного подавления революционного движения. Особенно дорожил Герасимов работой Е. Ф. Азефа, которого называл «лучшим из своих сотрудников». При этом начальник Петербургского охранного отделения обладал информацией о реальной роли Азефа в партии социалистов-революционеров – в качестве члена ЦК и руководителя Боевой организации. Считая, что рамки допустимого использования «центральной агентуры», официально признававшиеся Департаментом полиции, недостаточны и связывают руки в деле политического сыска, Герасимов обосновывал и внедрял иную систему. Не только допустимо, но и целесообразно, чтобы секретные агенты лично вступали в центральные организации революционных партий и активно участвовали в их деятельности, информируя охранное отделение и влияя на их деятельность под контролем и по указаниям охранки. Герасимов специально оберегал от арестов центры революционных организаций, в которых на руководящих позициях имеется надежная агентура. Он был убежден, что эффективнее контролировать таким путем действия революционеров, чем разрушать революционные центры массовыми арестами, рискуя лишиться информации и, главное, возможности парализовать их деятельность в самых вредных направлениях.

«В своем законченном виде, логически додуманном до конца, это была настоящая полицейская утопия: все центры всех революционных организаций должны были бы существовать как бы посаженные под стеклянные колпаки; каждый шаг их известен полиции, которая решает, что одно проявление их деятельности, с ее точки зрения менее опасное, она допустит; другое, более вредное, пресечет в корне; одному из членов организации дозволит писать прокламации и выступать с речами на митингах, так как он менее талантлив и его выступления производят меньше впечатления, а другого, более даровитого, посадит в тюрьму», – характеризовал «систему Герасимова» известный историк русской эмиграции Б. И. Николаевский, изучавший деятельность тайной политической полиции в России конца XIX – начала ХХ в. Подобные методы работы секретной агентуры в революционных организациях делали еще более зыбкой грань между осведомительной работой и фактически политической провокацией. Тем не менее П. А. Столыпин уже вскоре после назначения на пост министра внутренних дел оценил достоинства новой системы работы охранки и, поддержав Герасимова, «замкнул» на себя руководство его деятельностью.