То были хоть и частые, но частные случаи. Более существенные перемены не заставили себя ждать. 10 июля 1881 года вступило в силу новое положение об академии, которая стала называться Военно-медицинской и должна была готовить исключительно военных врачей. Рубя сплеча реформаторы оставили из пяти курсов только три старших, так что в 1881-м в академию поступили всего… 16 студентов. В 1883 году вернули пятилетнее обучение, восстановили некоторые в спешке упраздненные кафедры и возобновили подготовку гражданских врачей, но ущерб был нанесен немалый. А в 1884-м явился новый университетский устав, и Конференция озаботилась приведением положения об академии в соответствие с оным, чем и занималась шесть лет.

Наконец, Бородину пришлось пережить самый чувствительный для него удар. Со сменой царствования сменилась власть не только в Императорских театрах, где место Кистера занял Всеволожский. С поста военного министра ушел Дмитрий Алексеевич Милютин. Его преемник Петр Семенович Ванновский еще до утверждения в должности решил: в его подчинении никаких женских учебных заведений не будет. Самоотверженного участия женщин-врачей в последней Турецкой кампании он, по-видимому, не заметил. Начались хлопоты о том, чтобы какое-нибудь другое ведомство — МВД, Министерство просвещения, Петербургская городская дума — приняло курсы под свое крыло. Бородин делал что только мог — ничего не вышло. Слишком мало зависело лично от него, а его же собственное мудрое правило, записанное педиатром Евгенией Петровной Под-высоцкой, гласило: «Не ручайся за успех того, исполнение чего не зависит от нас». Уже поступившим разрешили доучиться, но после 1882 года прием новых студенток запретили. Поскольку первый курс всегда был многочисленнее других и платили первокурсницы не по 25, а по 35 рублей за семестр, финансовые проблемы приняли угрожающие размеры. Когда же пришлось разорять химическую лабораторию курсов в Николаевском госпитале и перевозить оборудование в академию, Бородин расплакался…

До 1881 года он изыскивал средства для материальной поддержки учениц — теперь пришлось озаботиться средствами для самого существования курсов. А попутно разрабатывать и утверждать их новый устав и решать множество проблем с документами, возникших из-за смены статуса. Александр Порфирьевич не терял надежды, что курсы удастся возобновить. Он умер в дни, когда выпускались последние женщины-врачи. После его смерти бюрократическая машина еще десять лет пережевывала проект Женского медицинского института, открывшегося лишь в 1897 году. Таковы были для Бородина последствия деятельности «Народной воли», якобы от имени народа действовавшей.