Нависшая смертельная угроза резко усилила стремление независимых советских республик объединить силы в борьбе с врагами. ЦК РКП(б) поддержал это стремление и по предложению В. И. Ленина принял постановление о военном единстве советских республик. В июне 1919 года на заседании ВЦИК с участием представителей Украины, Белоруссии и Прибалтийских республик был принят исторический декрет «Об объединении советских республик России, Украины, Латвии, Литвы, Белоруссии для борьбы с мировым империализмом». Декрет предусматривал объединение военного строительства, военной организации, военного командования, а также советов народного хозяйства, комиссариатов труда, финансов, железнодорожного транспорта. В соответствии с декретом Наркомвоен Украины, как и других республик, упразднялся.
По просьбе ЦК КП(б) У Н. И. Подвойский июль и почти весь август оставался на Украине. Совет Обороны республики использовал его на самых трудных участках гражданской войны. Вот лишь один эпизод из его жизни в то время.
В июле юго-западнее Киева петлюровцы стянули значительные силы и захватили важный пункт — узловую станцию Жмеринка. С падением Жмеринки был отрезан путь на Одессу, создалась непосредственная угроза Киеву. Совет Обороны Украины поручил Н. И. Подвойскому выехать на место и сделать все, чтобы остановить бегущие части, вернуть Жмеринку. Н. И. Подвойский сформировал группу, в которую вошли несколько рот из киевских полков, отряд курсантов-выпускников Киевских пехотных курсов и бронепоезд имени К. Либкнехта под командованием рабочего-большевика К. В. Лихачева, и выехал под Жмеринку. В пути он присоединил к отряду еще один бронепоезд — «Таращанец».
Встретив под Казатином спешно отходившие от Жмеринки части, Н. И. Подвойский, действуя быстро и решительно, остановил их, привел в порядок, влил в свой отряд. Разобравшись в обстановке, Николай Ильич создал две боевые группы — под командованием бывшего полковника большевика Бабина и военкома Иванова. Каждой группе придал по бронепоезду и поставил задачу одновременным внезапным ударом взять Жмеринку. При этом наступление он организовал вдоль двух веток железных дорог, чтобы эффективно использовать свои бронепоезда и не дать петлюровцам возможности уйти на имевшихся у них трех бронепоездах. Свой командный пункт Подвойский разместил на станции Гнивань.
Внезапный одновременный удар был стремительным и ошеломляющим для петлюровцев. Они бросили два бронепоезда, всю артиллерию, снаряжение, боеприпасы. Лишь одному бронепоезду удалось уйти по третьей, не перекрытой, ветке. Поручение Совета Обороны было выполнено.