Не мог же Федор родиться на год раньше, чем прибыл из Пруссии его отец! Да и иностранца, только-только заявившегося в Россию из Пруссии или еще из какого зарубежья, не назвали бы «квартирующим вечно в российском подданстве». И жена у Алексея Ивановича была русская — Аграфена Никитична.

Отпадает предположение и о том, что род Кони ведет свое происхождение из прибалтийских, лифляндских немцев. В 1913 году Анатолию Федоровичу пришло письмо за подписью «Август Кони». «Я эстонец из Лифляндской губернии, — писал корреспондент, — где у меня масса родственников с именами Кони, есть многие и в других городах… Может быть, Вы целиком знаете свою родню и Вам не известны те «Кони», которые происходят из эстонского народа, тогда я ошибаюсь…»

Письмо Анатолия Федоровича однофамильцу не сохранилось… Но оно было послано — в декабре того же года эстонский Кони в своем новом письме поблагодарил Анатолия Федоровича за сообщение о том, что последний родственников в Прибалтийском крае не имеет.

Московская консистория выдала упомянутое выше свидетельство в августе 1824 года «Бывшему Московскому потом Курскому купцу а ныне мещанину… Кони…». Наверное, в Курск Алексей Иванович попал, спасаясь от нашествия наполеоновских войск. Он и здесь открыл своз дело, но кого в те суровые годы интересовали его физические и математические приборы? Кони закрыл торговлю, перешел в сословие мещан. Однако уже в 1823 году он снова торгует в Москве. Есть упоминание о магазине оптических, физических и математических изделий, принадлежащем Кони, в газете «Московские ведомости» и за 1828 год. А в 1841 году «Московские ведомости» известили своих читателей о том, что в Якиманской части «…у большого Каменного моста, в доме князя Салтыкова, на дворе» продаются лучшие сальные свечи и олеин завода А. И. Кони и К°. Видно, торговля оптикой так и не принесла успеха Алексею Ивановичу, если он взялся за свечное дело.

Алексей Иванович Кони был человеком образованным, выделявшимся на общем фоне московского купечества — уже сам факт, что Кони торговал оптическими, математическими и физическими изделиями, говорит о многом. Эта торговля, не принесшая больших барышей, требовала определенных знаний. А сведения о том, что сын его Федор, впоследствии ставший известным драматургом, ученым, редактором, всесторонне образованным человеком, «развился дома» под влиянием матери, Аграфены Никитичны, свидетельствуют о том, что супруга у Алексея Ивановича была ему под стать.

Известно, что, кроме Федора, были еще у Алексея Ивановича Кони сын Николай и дочери Елизавета и Ольга. В архиве Анатолия Федоровича сохранилось несколько писем Елизаветы и Николая Кони к его отцу Федору Алексеевичу, написанных уже после того, как он переехал в Петербург. Письма эти передают быт купеческой Москвы и суровые правила, царившие в семействе Копи.