Однако существует и третья версия случившегося. Прежде чем говорить с Сегюром и писать Потемкину, Джонс дал показания начальнику полиции: «Выдвинутые против меня обвинения ложные. Их придумала мать испорченной девчонки, которая несколько раз приходила ко мне домой и с которой я часто badiner[12], всегда давал ей денег, но на чью девственность я никогда не покушался. Я думал, что ей на несколько лет больше, чем утверждает ваше превосходительство. Каждый раз приходя ко мне домой, она охотно позволяла делать с собой все, что угодно. В последний раз все было, как обычно, она была довольна и спокойна, никто не пытался обидеть ее. Если кому-нибудь придет в голову проверить, не была ли она дефлорирована, я заявляю, что не являюсь автором этого деяния, и могу с легкостью доказать ложность всех обвинений». К письму прилагались письменные показания трех свидетелей, которые клялись, что девочка покинула квартиру Джонса тихо, на ней не было ни крови, ни синяков, ее платье не было разорвано, и она не плакала.

Даже если это и не являлось преступлением, в любом случае подобные отношения между нервным, одиноким мужчиной средних лет и девочкой-подростком кажутся аморальными. Никто не знал точно, что именно случилось, но Джонс был изгнан из петербургского общества. Сегюр считал, что с Джонсом сыграли злую шутку, и стоял за этим Нассау-Зиген. «Пол Джонс виновен не больше, чем я, – заявлял посол, – человек в его положении никогда не подвергался подобному унижению – обвинениям от женщины, чей муж называет ее сводницей, и чья дочь открыто пристает к мужчинам». Обвинения в изнасиловании были сняты с Джонса, но вместе с ними исчезло и предложение встать во главе командования Балтийским флотом (командование перешло к Нассау-Зигену, который вскоре проиграл морскую битву шведскому флоту). Вместо позорного изгнания Екатерина предоставила Джонсу двухлетний отпуск. 26 июня она публично протянула ему на прощание руку для поцелуя и пожелала счастливого пути.

Остаток его жизни был кратким и небогатым на яркие события. Он никогда больше не командовал кораблем и уж тем более целым флотом. Ему было чуть больше сорока, и он пережил в Париже первые годы Французской революции: ни американский посол Говернер Моррис, ни Лафайет не нашли времени увидеться с ним. Он умер 18 июля 1792 года через две недели после своего сорок пятого дня рождения от нефрита и пневмонии. После его смерти Моррис отказался выделить государственные средства для его похорон или избавить Джонса от похорон на кладбище для нищих. Вместо этого Французская национальная ассамблея, которая помнила Джонса как героя, выплатила небольшую сумму, которая была необходима чтобы похоронить его.