Первые пять лет супружеской жизни прошли в Саратовской губернии. Вести хозяйство в имении становилось все труднее. С 1905 по 1908 год Шахматовы распродали почти всю свою землю. «В Саратовском уезде стоял опять период засух и неурожая. Крестьяне совсем не платили аренды, а банк собирал проценты все также усердно; пени росли с неимоверной быстротой; приходилось занимать деньги и еще на них платить проценты, чтобы не лишиться последнего достояния на торгах Дворянского банка: так, в последние годы, уходила вся помещичья земля, и не в одной Саратовской губернии! Быстро, на нет, сходила вся дворянская Русь».[12]

Из-за волнений, беспорядков и погромов, охвативших юг России, в ноябре 1905 года по настоянию брата и поддавшись на уговоры мужа Евгения Александровна, находившаяся в ожидании ребенка (первого она уже потеряла), уехала в Петербург. Поскольку в Петербурге тоже было неспокойно, то Алексей Александрович с супругой Натальей Александровной настояли на том, чтобы Евгения Александровна остановилась у них в квартире, и окружили ее заботой и вниманием. Рождение ребенка ожидалось около рождества, но мальчик родился 14 декабря и в тот же день умер. Алексей Александрович называл его маленьким Декабристом, поскольку он родился в день рождения декабриста Рылеева. «Эта кончина ребенка была так неожиданна, – пишет Масальская, – что Отт[13] назначил совет, чтобы выяснить, кто виноват: ребенок, мать или Институт? Виноватым оказался Институт: неуход, невнимание… Но как было его требовать в дни Московского восстания? Одновременно тогда погибло несколько младенцев (двадцать неудачных рождений)».

Одновременно с тяжелой новостью о смерти сына Виктор Адамович получил долгожданное сообщение о переводе в Минск. С одной стороны, объективно, Евгения Александровна понимала, что для мужа служба в Минске будет намного интереснее и перспективнее, чем в Саратове, но, с другой стороны, одна только мысль о расставании с родными и Губаревкой была для нее невыносима.

В этой сложной ситуации Евгения Александровна продолжала заниматься не только делами, связанными с имением, но и семейным архивом: она привела в порядок, описала и систематизировала обширный и богатый, главным образом вотчинный архив конца XVII – начала XIX веков. Историко-генеалогическое исследование Евгении Александровны[14] – это «очерк истории нескольких помещичьих семейств и имений Саратовского и Симбирского края. Старинный быт и уклад, родовые отношения, условия землевладения и сельского хозяйства, старо-дворянские службы, сведения генеалогического характера – все это в связанном и талантливо написанном повествовании изложено в статьях Е[вгении] А[лександровны] с такою полнотою, точностью, обстоятельностью и знанием предмета, которые делают ее работу вполне научно значительною»[15], – писал генеалог и историк русской литературы, основатель Пушкинского дома Борис Львович Модзалевский.