Петр и его мать были потрясены смертью родных, ужасами резни, которая совершалась на их глазах, и оскорблениями, которые получали они от грубых стрельцов. Около них не осталось ни одного помощника и советника: все их сторонники были истреблены, а уцелевшие попрятались. У Милославских, таким образом, исчезли их политические противники. Хозяевами дел становились теперь они, Милославские; представительницей власти стала Софья, потому что Наталья Кирилловна удалилась от дел. В те дни ее грозили даже «выгнать из дворца». Вступление во власть со стороны Милославских выразилось тотчас же после бунта тем, что места, занятые прежде в высшей московской администрации людьми, близкими к Нарышкиным, еще до окончания бунта перешли к сторонникам Софьи. Князь В. В. Голицын получил начальство над Посольским приказом; князь Ив. Андр. Хованский с сыном Андреем стали начальниками Стрелецкого приказа (то есть всех стрелецких войск). Иноземский и Рейтарский приказы подчинены были Ив. Мих. Милославскому.

Но, завладев фактически властью, уничтожив одних и устранив от дел других своих врагов, Софья и ее сторонники не заручились еще никаким юридическим основанием своего господствующего положения. Таким юридическим основанием могло быть воцарение царя Ивана и передача опеки над ним какому-нибудь лицу его семьи.

Этого Софья достигла помощью тех же стрельцов. Конечно, по наущению ее сторонников, стрельцы били челом о том, чтобы царствовал не один Петр, а оба брата. Боярская дума и высшее духовенство, боясь повторения стрелецкого бунта, 26 мая провозгласили первым царем Ивана, а Петра вторым. Немедленно затем стрельцы били челом о том, чтобы правление поручено было, по молодости царей, Софье. 29 мая Софья согласилась править. Мятежных, но верных ей стрельцов Софья угощала во дворце. Таким образом, партия Софьи достигла официального признания своего политического главенства.

Однако все население Москвы и сами стрельцы сознавали, что стрелецкое движение, хотя и вознаграждалось правительством, было все-таки незаконным делом, бунтом. Сами стрельцы поэтому боялись наказания в будущем, когда правительство усилится и найдет помимо них опору в обществе и внешнюю силу. Стараясь избежать этого, стрельцы требуют гарантий своей безопасности, официального признания своей правоты. Правительство не отказывает и в этом. Оно признает, что стрельцы не бунтовали, а только искореняли измену. Такое признание и было засвидетельствовано всенародно в виде особых надписей на каменном столбе, который стрельцы соорудили на Красной площади в память майских событий.