Бунт этот возник таким образом. Стрелецкие полки по взятии Азова были посланы туда для гарнизонной службы. Не привыкнув к долгим отлучкам из Москвы, оставив там семьи и промыслы, стрельцы тяготились дальней и долгой службой и ждали возвращения в Москву. Но из Азова их перевели к польской границе, а в Азов на место ушедших двинули из Москвы всех тех стрельцов, которые еще оставались там. В Москве не осталось ни одного стрелецкого полка, и вот среди стрельцов на польской границе разнесся слух, что их навсегда вывезли из столицы и что стрелецкому войску грозит опасность уничтожения. Этот слух волнует стрельцов; виновниками такого несчастья они считают бояр и иностранцев, завладевших делами. Они решаются силой противозаконно возвратиться в Москву и на дороге (под Воскресенским монастырем) сталкиваются с регулярными войсками, высланными против них. Дело дошло до битвы, которой стрельцы не выдержали и сдались. Боярин Шеин произвел розыск о бунте, многих повесил, остальных бросил в тюрьмы.

Петр остался недоволен розыском Шеина и начал новое следствие. В Преображенском начались ужасающие пытки стрельцов. От стрельцов добились новых показаний о целях бунта: некоторые признались, что в их деле замешана царевна Софья, что это в ее пользу стрельцы желали произвести переворот. Трудно сказать, насколько это обвинение Софьи было справедливо, а не вымучено пытками, но Петр ему поверил и страшно мстил сестре и карал бунтовщиков. Софья, по показанию современника, была предана суду народных представителей. Приговора суда мы не знаем, но знаем дальнейшую судьбу царевны. Она была пострижена в монахини и заключена в том же Новодевичьем монастыре, где жила с 1689 г. Перед самыми ее окнами Петр повесил стрельцов. Всего же в Москве и Преображенском было казнено далеко за тысячу человек. Петр сам рубил головы стрельцам и заставлял то же делать своих приближенных и придворных. Ужасы, пережитые тогда Москвой, трудно рассказать: С. М. Соловьев характеризует осенние дни 1698 г. как время «террора».

Рядом с казнями стрельцов и уничтожением стрелецкого войска Петр переживал и семейную драму. Еще будучи за границей, Петр уговаривал свою жену постричься добровольно. Она не согласилась. Теперь Петр отправил ее в Суздаль, где она, спустя несколько месяцев, была пострижена в монахини под именем Елены (июнь 1699 г.). Царевич Алексей остался на руках у тетки Натальи Алексеевны.

Ряд ошеломляющих событий 1698 г. страшно подействовал и на московское общество, и на самого Петра. В обществе слышался ропот на жестокости, на новшества Петра, на иностранцев, сбивших Петра с пути. На голос общественного неудовольствия Петр отвечал репрессиями: он не уступал ни шагу на новом пути, без пощады рвал всякую связь с прошлым, жил сам и других заставлял жить по-новому. И эта борьба с общественным мнением оставляла в нем глубокие следы: от пытки и серьезного труда переходя к пиру и отдыху, Петр чувствовал себя неспокойно, раздражался, терял самообладание. Если бы он высказывался легче и обнаруживал яснее свой внутренний мир, он рассказал бы, конечно, каких душевных мук стоила ему вторая половина 1698 г., когда он впервые рассчитался со старым порядком и стал проводить свои культурные новшества.