Под ведением Сената стоял ряд центральных учреждений, известных под названием коллегий; они были учреждены в 1718 г. и окончательно сформированы в 1720 г. Коллегии заменили собой старые приказы. С учреждением Сената, мало-помалу усваивавшего себе функции главнейших приказов, эти последние (например, Разряд) заменялись «столами» Сената; мелкие же приказы превращались в канцелярию и конторы разных наименований и сохраняли прежнюю организацию. Приблизительно с 1711 г. Петр задумал устроить центральное управление по западноевропейским образцам. Вполне сознательно он желал перенести на Русь шведское коллегиальное устройство. Коллегиальную систему рекомендовал ему и теоретик Лейбниц. За границу были посланы люди для изучения бюрократических форм и канцелярской практики; из-за границы выписывали опытных канцеляристов, чтобы организовать с их помощью новые учреждения. Но этим иностранцам Петр не давал в коллегиях начальнического положения, и они не поднимались выше вице-президентов; президентами же коллегий назначались русские люди.

С 1719 г. коллегии начали свою деятельность, и каждая сама для себя составляла устав, определявший ее ведомство и делопроизводство (эти уставы получили название регламентов). Всех коллегий учреждено было двенадцать: 1) Коллегия иностранных дел, 2) Коллегия военная, 3) Коллегия адмиралтейская (морская), 4) Штатс-коллегия (ведомство расходов), 5) Камер-коллегия (ведомство доходов), 6) Юстиц-коллегия (судебная), 7) Ревизион-коллегия (финансовый контроль), 8) Коммерц-коллегия (торговая), 9) Мануфактур-коллегия (промышленность), 10) Берг-коллегия (горное дело), 11) Вотчинная коллегия (промышленность), 12) Главный магистрат (городское управление). Последние три коллегии образованы были позже остальных. Вновь основанные учреждения не заменили, однако, всех старых приказов. Приказы продолжали существовать или под именем канцелярий, или под прежним именем приказов (Медицинская канцелярия, Сибирский приказ).

Коллегии были подчинены Сенату, который посылал им свои указы; в свою очередь, местные органы управления были ниже коллегий и повиновались им. Но, с одной стороны, не все коллегии одинаково подчинялись Сенату (военная и морская были самостоятельнее прочих); с другой стороны, не все коллегии имели отношение к областным органам управления. Над провинциальными властями, в качестве прямой высшей инстанции, стояли только Камер- и Юстиц-коллегии и Главный магистрат. Таким образом, и центральные, и местные органы управления не представляли строгой и стройной иерархии.