Заботясь о поднятии нравственности и благосостояния в среде духовенства, Петр с особым вниманием относился к быту белого духовенства, бедного и малообразованного, «ничем от пахотных мужиков неотменного», по выражению современника. Рядом указов Петр старался очистить среду духовенства тем, что насильно отвлекал лишних его членов к другим сословиям и занятиям и преследовал дурные его элементы (бродячее духовенство). Вместе с тем Петр старался лучше обеспечить приходское духовенство уменьшением его числа и увеличением района приходов. Нравственность духовенства он думал поднять образованием и строгим контролем. Однако все эти меры не дали больших результатов.

К монашеству Петр относился не только с меньшей заботой, но даже с некоторой враждой. Она исходила из того убеждения Петра, что монахи были одной из причин народного недовольства реформой и стояли в оппозиции. Человек с практическим направлением, Петр плохо понимал смысл современного ему монашества и думал, что в монахи большинство идет «от податей и от лености, чтобы даром хлеб есть». Не работая, монахи, по мнению Петра, «поедают чужие труды» и в бездействии плодят ереси и суеверия и занимаются не своим делом: возбуждают народ против новшеств. При таком взгляде Петра понятно стремление его к сокращению числа монастырей и монахов, к строгому надзору за ними и ограничению их прав и льгот. У монастырей были отняты их земли, их доходы, и число монахов было ограничено штатами; не только бродяжничество, но и переход из одного монастыря в другой запрещался, личность каждого монаха была поставлена под строгий контроль настоятелей: занятия в кельях письмом запрещены, общение монахов с мирянами затруднено. В конце царствования Петр высказал свой взгляд на общественное значение монастырей в «Объявлении о монашестве» (1724). По этому взгляду, монастыри должны иметь назначение благотворительное (в монастыри помещались на призрение нищие, больные, инвалиды и раненые), а кроме того, монастыри должны были служить к приготовлению людей к высшим духовным должностям и для приюта людям, которые склонны к благочестивой, созерцательной жизни. Всей своей деятельностью относительно монастырей Петр и стремился поставить их в соответствие с указанными целями.

В эпоху Петра отношение правительства и церкви к иноверцам стало мягче, чем было в XVII в. К западноевропейцам относились с терпимостью, но и при Петре к протестантам благоволили больше, чем к католикам. Отношение Петра к последним обусловливалось не одними религиозными мотивами, но и политическими: на притеснения православных в Польше Петр отвечал угрозами воздвигнуть гонение на католиков. Но в 1721 г. Синод издал важное постановление о допущении браков православных с неправославными – и с протестантами и католиками одинаково.