Лавирование между командующими нелегко давалось начальнику штаба 1-й армии. «Когда гибнет всё, — увещевал Алексей Петрович Багратиона, — когда Отечеству грозит не только срам, но и величайшая опасность, там нет ни боязни частной, ни выгод личных. Принесите ваше самолюбие в жертву погибающему Отечеству нашему, уступите другому и ожидайте, пока не назначат человека, какого требуют обстоятельства».

Сам Ермолов пассивно ждать назначения единого главнокомандующего не желал и просил царя о решении этого вопроса, послав ему с 16 июля по 10 августа четыре письма, в которых взывал: «Необходим начальник обеих армий. Нужно единоначалие!»

Касаясь положения в армии, он указывал на вредное влияние на войска непрерывного отступления: «Отступление, долгое время продолжающееся, тяжёлые марши возбуждают ропот в людях, теряется доверие к начальнику. Солдат, сражаясь как лев, всегда уверен, что употребляет напрасные усилия и что ему надобно будет отступать».

За три недели до оставления старой русской столицы Ермолов предвидел такую возможность и убеждал царя: «Москва не далека, драться надобно! Россиянин каждый умереть умеет!.. Если никто уже в случае поражения армии не приспеет к защите Москвы, с падением столицы не разрушаются все государственные способы. Не всё Москва в себе заключает! Есть средства неисчерпаемые, есть способы всё обратить на гибель врагов Отечества нашего, завиствующих могуществу и славе нашего народа».

На Бородинском поле Алексей Петрович фактически выполнял обязанности начальника штаба главнокомандующего. В один из моментов сражения Кутузов послал его на левый фланг русской армии, чтобы заменить раненого Багратиона. Но, проезжая мимо Курганной высоты, Ермолов увидел, что она взята французами и центр русской позиции вот-вот рухнет. Собрав отступавших, Алексей Петрович повёл их в штыковую атаку. О её результате Барклай де Толли докладывал Кутузову следующее: «Начальник главного штаба генерал-майор Ермолов с свойственною ему решительностью, взяв один только 3-й батальон Уфимского полка, остановил бегущих и толпою в образе колонны ударил в штыки. Неприятель защищался жестоко: батареи его делали страшное опустошение, но ничто не устояло. 3-й батальон Уфимского полка и 18-й егерский полк бросились прямо на батарею, 19-й и 40-й егерские — по левую сторону оной, и в четверть часа наказана дерзость неприятеля. Батарея во власти нашей, вся высота и поле оной покрыты телами… Бригадный генерал Бонами был один из снискавших пощаду, а неприятель преследован был гораздо далее батареи. Генерал-майор Ермолов удержал оную с малыми силами до прибытия 24-й дивизии, которой я велел сменить расстроенную неприятельской атакой 26-ю дивизию».