Царь сам наказывал Михаилу Богдановичу беречь армию, но, под давлением недовольных, вынужден был пойти на замену главнокомандующего. Барклаю де Толли было предписано «с вверенною 1-й армией состоять в точной Кутузова команде». Об этом же уведомил его новый главнокомандующий, на что Михаил Богданович смиренно ответил: «В такой жестокой и необыкновенной войне, от которой зависит сама участь нашего Отечества, всё должно содействовать только одной цели и всё должно получить направление своё от одного источника соединённых сил. Ныне под руководством вашей светлости будем мы стремиться с соединённым усердием к достижению общей цели, — да будет спасено Отечество».

Конечно, сдать командование, не реализовав своих планов, не оправдав возлагавшихся на него надежд, было нелегко. Помогало сознание необходимости единения перед лицом нависшей угрозы. Словом, было не до личных обид:

Мнение о том, что Михаил Богданович искал смерти, сложилось у современников по наблюдению за ним на Бородинском поле, где он защищал центр и правый фланг. Барклай де Толли лично водил войска в атаку, участвовал в кавалерийской схватке, под ним пало пять лошадей, были убиты два и ранены семь адъютантов из двенадцати.

На совете в Филях Михаил Богданович имел мужество высказаться за оставление Москвы. «Главная цель заключается не в защите Москвы, а в защите Отечества», — заявил он.

После прихода армии в Тарутино Барклай де Толли подал в отставку. В ожидании оной писал жене: «Готовься к уединённому и скудному образу жизни, продай всё, что ты сочтёшь излишним, но сохрани мою библиотеку, собрание карт и рукописи в моём бюро».

К счастью для полководца, после изгнания захватчиков с территории России до многих наконец-то дошло: а ведь Барклай был прав, вопреки всему и всем сохраняя армию! Настроение в обществе изменилось, и Михаил Богданович был вновь призван на службу. В конце ноября царь писал ему:

«Мне только остаётся сохранить вам возможность доказать России и Европе, что Вы были достойны моего выбора, когда я Вас назначил главнокомандующим. Я предполагал, что Вы будете довольны остаться при армии и заслужить своими воинскими доблестями, что Вы и сделали при Бородине, уважение даже Ваших хулителей.

Вы бы непременно достигли этой цели, в чём я не имею ни малейшего сомнения, если бы оставались при армии, и потому, питая к Вам неизменное расположение, я с чувством глубокого сожаления узнал о Вашем отъезде. Несмотря на столь угнетавшие Вас неприятности, Вам следовало оставаться, потому что бывают случаи, когда нужно ставить себя выше обстоятельств.