Гелен так и не оправился от пережитого им унижения. Безрадостно было и то, что его бывшие друзья Вессель и Зельмайер выступили против него. Его непререкаемый авторитет и безраздельная власть над разведкой после скандала со «Шпигелем» и разоблачения «кротов», проникших в сердце БНД, развеялись как миф. С приходом доктора Людвига Эрхардта, творца «экономического чуда», приведшего Германию к невиданному процветанию, кресло под Геленом зашаталось. Эрхардт не скрывал своего презрения к «грязным шпионским играм». Первое, что он сделал, перебравшись во дворец Шаумбург в Бонне, приказал офицерам связи Гелена, занимавшим там три кабинета, немедленно убираться. При этом он якобы сказал: «Я не могу оставаться с этими парнями под одной крышей». Затем он резко урезал бюджет БНД и создал комиссию для проверки всей структуры геленовской «Организации».

Нет сомнения в том, что Эрхардт намеревался уволить Гелена, однако советники канцлера выразили мнение, что в этот критический период будет невозможно найти равноценной замены шефу БНД. После возведения Берлинской стены отношения ФРГ со своими восточными соседями вступили в опасную фазу. В целом международное положение было тогда крайне напряженным: сорвана Парижская встреча на высшем уровне, затем разразился Карибский ракетный кризис. Через месяц после того как Эрхардт стал канцлером, был убит президент Кеннеди. Главный мотив, которым руководствовался Эрхардт, оставляя Гелена на прежнем посту, изложил новый министр обороны Кай Уве фон Хассель, бывший офицер абвера, который сказал Эрхардту, что разведка НАТО до сих пор в значительной степени полагается на информацию, поступающую из Пуллаха. Он также заверил нового канцлера, что Гелен «будет в дальнейшем вести себя корректно». Гелен остался верен девизу своей семьи: «Никогда не сдаваться!». Но впервые за всю свою долгую карьеру он стал передоверять многие повседневные дела своим заместителям, Воргиц-ки и Вендланду, которые лучше, чем он, умели находить рбщий язык с министерскими чиновниками и начальниками других спецслужб. Сокращение бюджета БНД его не особенно беспокоило. Еще раньше, будучи «любимым генералом канцлера Аденауэра» и опираясь на поддержку доктора Глобке, он нашел альтернативные источники финансирования. На счета БНД без всякой огласки перечисляли деньги ведущие банки и страховые компании, концерны тяжелой промышленности, корпорации по производству стали и вооружений, судостроители, производители автомобилей и крупные коммерческие фирмы. Гелен позаимствовал этот метод финансирования государственной спецслужбы через частное предпринимательство у своего друга Аллена Даллеса.