Из Западного Берлина он под чужим именем улетел в Кельн. Йон надеялся, что ему как жертве Москвы будут сочувствовать, но все получилось по-другому. Ему не простили побега и жестких слов о боннских властителях. Несколько часов его допрашивали, потом арестовали, судили и отправили в тюрьму.

Йон доказывал, что его заманил в ловушку берлинский врач-психиатр Вольгемут, который уговаривал Йона пойти на встречу с русскими. А они опоили начальника контрразведки каким-то препаратом и в бессознательном состоянии вывезли в ГДР. Йон уверял, что в ГДР он был вынужден говорить то, что ему велели: у него были основания бояться за свою жизнь. Но западногерманский суд ему не поверил. Его очень компрометировало то обстоятельство, что ему удалось так легко покинуть ГДР. Если его не держали под стражей, если он имел возможность свободно передвигаться, это может означать только одно: его вовсе не держали под арестом, он по своей воле сотрудничал с агентами КГБ.

Суд пришел к выводу, что Отто Йон перешел в Восточную Германию добровольно, без принуждения. Йона приговорили к четырем годам тюремного заключения. 22 августа 1956 года Йон начал отбывать свой срок. Правда, отсидел он только два. В 1958 году его помиловал президент ФРГ.

Все последующие годы Отто Йон продолжал уверять журналистов, что он отверг любое секретное сотрудничество с Москвой и потому невиновен в измене и выдаче государственных секретов. В 1965 году Йон опубликовал автобиографическую книгу «Дважды через границу». Никто, кроме ближайших друзей, не принимал его слова всерьез. После распада Советского Союза у него появился важный свидетель. В его пользу высказался Валентин Михайлович Фалин, бывший секретарь ЦК КПСС по международным вопросам, бывший советский посол в ФРГ.

Валентин Фалин подтвердил: ему достоверно известно, что Йон стал жертвой операции советской разведки. Фалин подтвердил, что Йона одурманили агенты Москвы и тайно вывезли в восточный сектор Берлина, что Йон участвовал в пропагандистских спектаклях ради спасения собственной жизни, но тайн не выдавал.

Откуда об этом известно самому Фалину? Фалин в начале пятидесятых работал в Комитете информации при Министерстве иностранных дел. Его начальник, заместитель председателя комитета Иван Тугаринов по поручению Молотова ездил в Берлин и, приехав, сказал Фалину, что Йона усыпили в Западном Берлине, а проснулся он в Восточном. Свой рассказ Фалин оформил в виде нотариально заверенных свидетельских показаний и передал в суд, который должен был рассматривать просьбу Отто Йона о реабилитации. Но его показания не помогли.