В годы Второй мировой войны, будучи уже в пустыне, часто целые ночи он молился за все народы, «как в некоем безумии»: это был внутренний крик к Богу о мире всего мира. Однако по-прежнему гонимые в России занимали первое место в его сознании. Молитва о них была в начале всех его молитв, и в средине, и в конце. Эта молитва навсегда связала старца невидимой духовной нитью с судьбой Русской Церкви.

По приезде во Францию после войны старец естественно подал прошение о принятии его в клир Экзархата Русской Церкви. Старцу было чуждо сознание тех эмигрантов, которые разорвали литургическое общение с Патриаршей Церковью в силу своей оппозиции современному политическому положению вещей в России, считая борьбу с советскими властями самым существенным и самым важным моментом их жизни. В те годы принадлежать к юрисдикции Московской Патриархии во Франции, да и вообще на Западе, было связано с большими трудностями. Все посещавшие Русский храм Московской Патриархии считались «агентами Сталина» и неизбежно подвергались моральным притеснениям. За свою приверженность Русской Патриаршей Церкви старец вынужден был уйти и из Св. Сергиевского Института в Париже. Однако эти испытания старец переживал с благодарностью к Богу: в них он видел «некую норму соучастия» в страданиях русского православного народа. Старец говорил: «Церковь в России — это Церковь во аде». Его сильно влекло быть именно с ними, «во аде», вместе с ними и молиться. В 1958 году отец Софроний по официальному приглашению Московской Патриархии поехал в Россию с тайным намерением — остаться в Троице-Сергиевой Лавре и разделить судьбу страждущей Церкви. Когда он был на приеме у Святейшего Патриарха Алексия I и сообщил о своем желании, Святейший ответил ему: «Отец Софроний, придите завтра, и я дам вам ответ». На следующий день Патриарх сказал: «Отец Софроний, я не все могу». Старец вынужден был вернуться на Запад, однако живое соучастие в молитве со страждущим народом глубоко запечатлелось в его сознании. Старца потряс невероятный контраст, который представляла тогда жизнь в Советской России. С одной стороны — глубоко верующий народ: люди страдают от видения неверия прочих и плачут о тех, кто отказывается видеть столь явное, «очевидное» Бытие и присутствие Бога, переживая состояние неверных, как самое великое несчастье. С другой — неверующие, которые стыдятся, что среди них есть еще так много «предрассудков», и которые делают все, чтобы избавить «передовую» страну от этих пережитков старого «невежества».

Особенно старцу запомнился один случай в храме Московской Духовной Академии, где он служил Литургию. В конце службы народ прикладывался ко кресту. Многие плакали. Но одна пожилая женщина плакала хотя и тихо, но как-то особо — с надрывом больного сердца. У старца от сострадания заболела душа, и он почувствовал, как надорвалось его сердце. Он взял крест в левую руку, правою удержал голову плачущей женщины и тихо спросил ее на ухо: