Со временем представителям клана Ямато стало трудно обеспечивать централизованное управление страной, и они начали передавать военные, административные и налоговые функции бывшим соперникам, которые превратились в региональных губернаторов. По мере того как клан Ямато и императорский двор слабели, правители на местах набирали силу. Со временем некоторые из них получили статус даймё – феодальных князей, управлявших своими вотчинами независимо от центрального правительства. В 1185 году князь Минамото но Ёритомо, губернатор восточных провинций и дальний отпрыск императорского рода, установил в стране режим военной диктатуры. Этой датой ознаменовалось вступление Японии в период феодализма (1185–1867). Основанный Ёритомо тип правления получил название сёгунат и просуществовал в Японии почти 700 лет.

Политическая стабильность, достигнутая Минамото в 1185 году, продлилась недолго. Власть поочередно переходила в руки противоборствующих кланов, пока в 1467 году режим централизованного военного правления не рухнул. Япония оказалась ввергнута в пучину анархии. Так началась печально известная «эпоха сражающихся провинций», кровавое столетие борьбы удельных князей, которые защищали свои владения и старались взять верх над соперниками, используя покушения, политические союзы, династические браки, взаимные усыновления и удочерения, а также открытые военные действия. В беспощадной борьбе за консолидацию власти даймё нередко убивали собственных детей и даже родителей.

К моменту погружения Японии в смутную эпоху междоусобиц самураями стали называть вооруженных правительственных чиновников, командиров полицейских отрядов и профессиональных солдат – короче говоря, почти всех, кто носил меч и был готов пустить его в ход.

Несмотря на весь хаос периода военной анархии, в феодальной Японии сохранялась строгая иерархия власти. Формальным правителем считался император, потомок богини солнца Аматэрасу, перед которым обязан был преклонять колени каждый гражданин страны. Однако властные функции императора были почти символическими; фактически они ограничивались раздачей официальных титулов. Император полностью зависел от владетельных князей, финансировавших содержание двора, и не играл роли в практическом управлении делами страны.

Следом за императором на социальной лестнице располагалась придворная аристократия, состоявшая из принцев, принцесс и других вельмож императорской крови. Аристократы были отстранены от практического управления страной и содержали свои дома за счет унаследованных состояний и денежных поступлений от удельных князей.