— Оба уберите оружие, работает СОБР. — Оперативник МУРа с облегчением опустил пистолет. Однако молодой боец продолжал стоять в том же положении. — Семенов, я кому сказал, опусти пистолет, — и только после грозного окрика прапорщик убрал оружие.

Нередко внутриведомственные барьеры отрицательно сказываются на борьбе с преступностью. В данном случае по причине конкуренции МУР о задержании организованной группировки, занимавшейся торговлей огнестрельным оружием, не поставил в известность ГУОП МВД, и все могло закончиться трагически. Нелегальный канал поступления в Россию партии оружия установлен не был. Однако в руки киллеров не попали современные пистолеты с лазерными прицелами, аналогов которым в то время не было даже в подразделениях специального назначения. Значит, чьи-то жизни уже были спасены.

Содействие в раскрытии организованных преступлений оказывали оперативные подразделения мест лишения свободы (впоследствии — служба исполнения наказания). Их участие заключалось в разработке по заданиям ГУОП лиц, находившихся в пенитенциарных учреждениях, принимавших участие в совершении тяжких преступлений в составе организованных группировок. В процессе проведения мероприятий учитывалось то, что некоторые осужденные осведомлены о методах оперативной работы, и это зачастую умело использовалось для их разработки. Порой проводились совместные сложные мероприятия с учетом психологии таких лиц для получения дополнительной информации по изобличению обвиняемых и лиц, оставшихся на свободе.

В ходе следствия, в том числе при участии сотрудников СИЗО, не всегда удавалось полностью раскрыть преступления, установить всех виновных, разыскать похищенное имущество и ценности. Из-за большого количества членов организованных сообществ и сложности расследования совершенных ими преступлений по мере доказывания их вины и вступления приговора в законную силу осужденных отправляли в исправительно-трудовые учреждения для отбытия наказания. Участников опасных преступлений с целью полного их раскрытия по возможности направляли в ИТУ Новосибирской, Иркутской областей, Мордовской республики. Там работали высококлассные оперативники, которые проводили различного рода комбинации и получали информацию о сообщниках, оставшихся на воле.

В то время когда пенитенциарные учреждения входили в структуру МВД, была создана система выполнения заданий органов внутренних дел оперативными частями мест лишения свободы. В 1998 году уголовно-исполнительные учреждения передаются в структуру Министерства юстиции Российской Федерации. Спустя шесть лет создается специальная Федеральная служба исполнения наказаний, находящаяся в ведении Минюста. Ранее имевшаяся система взаимодействия с органами внутренних дел претерпела изменения, и не в лучшую сторону. В настоящее время в основном взаимодействие осуществляется на уровне оперативных подразделений СИЗО и в меньшей степени с исправительно-трудовыми учреждениями.