В течение трех месяцев работы сводной бригады было возбуждено несколько уголовных дел. На скамье подсудимых оказались около 40 человек. С целью устранения воздействия местных органов власти на предварительное следствие в отношении участников организованных формирований контроль за расследованием уголовных дел взяла Генеральная прокуратура России. Это приобрело совершенно другой уровень. Сразу поубавилось количество желающих из числа местных чиновников вмешиваться в процесс следствия. Членам организованных структур вменялось с начала 1990-х годов более 60 совершенных убийств. Однако, несмотря на принимаемые меры, следствию не удалось доказать все эпизоды тяжких преступлений, сказался временной фактор.

С помощью экспертной системы были выявлены коррумпированные чиновники различных уровней областной и городской администрации. В том числе два депутата Госдумы от Новосибирской области. Эти народные избранники принимали меры по освобождению под свое поручительство одного из арестованных членов группировки, обвиняемого в организации убийства. Однако, когда узнали, что расследование проводится под эгидой Генеральной прокуратуры, отказались от дальнейшего вмешательства.

После убийства ряда авторитетов, ареста лидеров двух крупных сообществ и активных участников криминальные структуры стали разваливаться и впоследствии прекратили свое существование.

С целью подрыва экономической основы организованной преступности в регионе при помощи экспертной системы установили схемы основных правонарушений, совершаемых коммерческими структурами, созданными бандформированиями либо находившимися под их контролем. Принимались меры по освобождению частных предприятий из-под влияния преступников. На подобных объектах при содействии налоговой службы и сотрудников отделов по борьбе с экономическими преступлениями проводились комплексные проверки, в процессе которых были выявлены различного рода правонарушения. Некоторые из них приостановили свою деятельность, на другие наложили штрафы, часть обанкротилась и впоследствии разорилась. Оставшись без своих организаторов и лишившись финансовой поддержки, другие крупные сообщества также стали распадаться на мелкие группы, не представлявшие общественной опасности.

Областной суд приговорил более двадцати активных членов бандформирований, в том числе лидера самой влиятельной «Тарановской» группировки, на сроки от 9 до 22 лет лишения свободы. Несмотря на принимаемые меры, в ходе следствия никто из коррумпированных чиновников ГУВД, администрации области и города не понес наказания. Высокопоставленные должностные лица остались на своих должностях, а некоторые из них впоследствии получили повышение.