Поскольку официальным дипломатам дать задание на убийство даже по меркам того времени было рискованно ввиду политических последствий такого шага, к делу и привлекли не связанных дипломатическим политесом русских купцов в Европе. Как следует из архивов, купцы во главе с неким Иваном Тетериным схватили Анкудинова в принадлежавшем тогда Швеции городе Ревеле (ныне эстонский Таллин) прямо на улице, но самозванца отбили его шведские охранники. В страхе перед новым покушением Анкудинов бежал дальше в Европу, работавший на российских дипломатов-разведчиков англичанин Гэбдон обнаружил его в немецком вольном городе Данциге (теперь польский Гданьск), здесь вторично и вновь неудачно русские купцы пытались захватить Анкудинова, тот опять сбежал, на этот раз еще дальше, в голландский Амстердам. Довести до конца похищение купцам так и не удалось, первая силовая антиэмигрантская акция российской разведки закончилась неудачей. Удивляться не приходится, не дело торговых людей кого-то выслеживать по чужим городам и хватать, такие операции не для дилетантов.

Хотя Анкудинову все же не повезло, его арестовали по другому обвинению позднее в немецком городе Нейштадте, посадив в тюрьму местного правителя Голштинии Фридриха. Об этом от своих торговых партнеров из числа германцев узнал русский купец в Голштинии Микляев и сообщил об аресте самозванца письмом в Москву. Тогда еще не было ни Интерпола, ни двухсторонних договоров МВД об экстрадиции преступников, но российскому купцу Микляеву удалось от имени русского царя договориться с голштинским герцогом Фридрихом о выдаче Анкудинова в Россию. Так в 1653 году беглый россиянин был передан голштинцами специально прибывшему из России конвою во главе с дьяком Василием Шпилькой. По дороге в Россию Анкудинов совершил неудачную попытку самоубийства, прыгнув под колеса телеги, но его все же довезли до Москвы, где его ввиду важности его персоны в тогдашних условиях допрашивал лично глава Разбойного приказа Лыков, равный по статусу нынешнему министру внутренних дел.

На допросах Анкудинов вновь объявлял себя сыном царя Василия Шуйского и даже отказался признать свою мать. Учитывая тогдашние методы следствия Разбойного приказа, при всех его злодействах Анкудинова можно признать очень сильным и смелым человеком, он так и умер без раскаяния в самозванстве. Вскоре, так и не добившись признания, Анкудинова четвертовали. При этом к месту казни якобы случайно в то же время привезли шведских и польских послов в Москве, чтобы те увидели и рассказали своим монархам, что на союзного им эмигранта-самозванца можно больше не рассчитывать.