Подобные провокационные слова подчеркивали бульдожий патриотизм Флинна, но они же вызывали значительные вспышки гнева в немецкой и ирландской общинах. Давление на шефа быстро возрастало, и никого не удивило, когда в ноябре 1917 года он подал в отставку из Секретной службы, заявив, что устал и получил приказ отдохнуть. Вскоре выяснилось, что истинной причиной его ухода было отсутствие со стороны Вашингтона поддержки его жесткой позиции в отношении контрразведки. Давним противником великого детектива был Уильям Байярд Хейл, газетчик немецкого происхождения, придерживавшийся прогерманских взглядов, который был влиятельным корреспондентом в Берлине до вступления Америки в войну. Хейл вернулся в Нью-Йорк, и Флинн провел специальное расследование в отношении него как потенциальной угрозы национальной безопасности.

Согласно протесту, поданному разъяренным репортером на имя президента Вудро Вильсона, наблюдение за ним включало визит наводящего страх сотрудника Секретной службы, который угрожал его семье. Когда Бюро расследований Департамента юстиции (предшественник ФБР) получило приказ проверить жалобу, оно пришло к выводу о том, что Флинн действовал «не только вне полномочий закона, но и вразрез с актом Конгресса, ограничивающим деятельность [его] службы», и ему пришлось уйти. Его сменил заместитель Уильям Моран, еще один ветеран Секретной службы, оказавшийся впоследствии более гибким, вплоть до продажности.

Получилось так, что Флинну выпал шанс насладиться еще одним, последним «ура» в его честь как детектива, и произошло это именно потому, что он придерживался твердых взглядов на вопросы национальной безопасности. Через два года после его ухода из Секретной службы в доме Генерального прокурора США А. Митчелла Палмера раздался взрыв огромной силы, фактически разрушивший здание. В тот вечер по всей стране прогремело восемь таких взрывов – все, кроме одного, в домах судей и политиков, возбуждавших дела против анархистов и радикальных социалистов. Вдобавок шестнадцать бомб, заложенных в письмах, были обнаружены в нью-йоркском почтовом отделении, где их отложили в сторону по причине недостаточной оплаты почтовых расходов. Через несколько месяцев, в сентябре 1920 года, на Уолл-стрит, напротив штаб-квартиры фирмы «Джей Пи Морган энд Кампани» раздался еще один ужасающий взрыв. На этот раз подрывники привели в действие большое взрывное устройство, спрятанное в фургоне доставки.

Согласованные террористические действия подобного рода были беспрецедентны в Америке. Хуже того, это произошло в то время, когда страну охватил страх перед коммунизмом и профсоюзами. Палмер, потрясенный до глубины души, бросил все силы своего Департамента юстиции на поиск виновных. Чтобы выполнить эту миссию, ему нужен был блестящий детектив, и выбор Флинна был очевиден. Спешно отозванный из полуувольнения (к тому времени он уже принял синекуру в качестве главы Федерального управления железнодорожной полиции), прежний шеф Секретной службы был назначен директором Бюро расследований. Задачу наблюдения за подозреваемыми радикалами Флинн возложил на амбициозного клерка Департамента юстиции по имени Дж. Эдгар Гувер, а на себя лично взял выслеживание подрывника.