В распоряжении бойцов GSG-9 были пистолеты-пулеметы «МП-5», хорошо зарекомендовавшие себя в условиях боя в тесном пространстве; западногерманские снайперские винтовки «Маузер-66» специальной модификации, способные поражать цели укрытые внутри пассажирских самолетов; инфракрасные приборы ночного видения «глаз совы»; пистолеты 38 калибра «Смит энд Вессон» и П9С усиленной мощности; различные приставные лестницы и особые штурмовые взрывные устройства направленного действия, предназначенные для срыва люков самолета. Впервые в антитеррористической практике было решено использовать специальные магниевые взрывпакеты, привезенные сотрудниками SAS. Во время штурма они должны были на несколько секунд оглушить и ослепить террористов.

Через час после высадки Вегенер доложил о том, что его команда готова в любой момент приступить к завершающей фазе операции «Магический огонь». По плану операции сомалийские коммандос должны были перед началом штурма развести примерно в 100 метрах от носа самолета огромный костер, чтобы привлечь террористов в кабину пилотов. В это время штурмовая группа «GSG-9» попытается проникнуть в салон через хвостовую часть и аварийные люки.

Примерно в 22:00 наблюдатели и снайперские расчеты вышли на исходные позиции. В 23:15 из диспетчерской башни, где разместился штаб операции, поступила команда на выдвижение к исходным рубежам штурмовых групп и групп технической поддержки. В 23:50 сомалийские коммандос провели отвлекающий маневр, разведя огромный костер. Пока террористы находились в кабине пилотов, стараясь понять, что происходит, штурмовые группы незаметно проникли под фюзеляж самолета и заняли позицию в хвосте и под крыльями.

В 00.05 Вегенер отдал приказ к началу штурма. Приставные лестницы, оббитые каучуком, бесшумно легли у запасных люков самолета. После того как по радиосвязи прошла кодовая команда «Магический огонь», прозвучали несколько глухих хлопков. Взрывные устройства одновременно сорвали все люки. Внутрь полетели магниевые взрывпакеты. Яркая вспышка в 50 тысяч ватт ослепила всех, кто находился внутри салона. Несколько штурмовых групп «GSG-9» одновременно с разных сторон ворвались в салон самолета. Одними из первых были сотрудники SAS — майор Морон и сержант Дэвис. В 00:06 в радиоэфире прозвучало первое сообщение: «Операция началась!».

Продвигаясь тремя группами, коммандос вели интенсивную стрельбу, прикрывая друг друга. Менее чем за минуту бойцы прошли весь самолет и оказались у дверей пилотской кабины, в которой забаррикадировались двое мужчин-террористов. В 00:07 прозвучало новое сообщение: «Мы контролируем самолет». Затем бойцы штурмовой группы начала эвакуацию заложников через хвостовую часть самолета, опасаясь, что уцелевшие угонщики приведут в действие взрывные устройства.