Изучение процесса перерастания общества, живущего натуральным хозяйством, в классовое подвело Кузьминова к изучению отчуждения труда, происходящее в процессе трансформации общества. Отсюда было рукой подать до критической оценки социализма, в котором отчуждение труда, несмотря на все усилия, сохранялось. В 1989 году он со своей новой женой Набиуллиной стал соавтором книги «Отчуждение труда: история и современность» (другие соавторы – Вадим Радаев, сейчас его первый заместитель в Высшей школе экономики, Татьяна Субботина – сотрудник Всемирного банка).
Изучая развитие экономической мысли (по его инициативе в 1989 году стало выходить первое издание в области истории экономической мысли и экономической истории – альманах «Истоки»), пришел к вполне естественному выводу, что даже частичная канонизация экономической теории мешает ее развитию, ведет к «окукливанию» и вульгаризации.
В 1989 году Кузьминов перешел в Институт экономики АН СССР «под крыло» к его директору академику Абалкину и, вероятно, Ясину, где работал старшим научным сотрудником и заведующим сектором историко-экономических исследований. При этом Кузьминов два года был одним из директоров фонда «Культурная инициатива» Сороса, в котором занимался проектами поддержки образования – и впервые соприкоснулся с ним как с объектом управления.
В том же 1989 году участвовал в создании «альтернативной», по тогдашней моде, кафедры экономической теории в легендарном физтехе, на которой экономика преподавалась без доминирования марксистско-ленинской политэкономии. Это было внове, и кафедра пользовалась бешеной популярностью, в результате чего обычные преподаватели остались без студентов. Партком пожаловался в ЦК, и Кузьминов был уволен из МФТИ.
В следующем году он открыл такую же межфакультетскую кафедру на физическом и историческом факультетах МГУ – и история повторилась.
Тогда Кузьминов вместе с Ясиным, который работал под руководством Абалкина в Комиссии по экономической реформе при Совете министров СССР, начал продвигать идею создания экономического колледжа по западным стандартам; в 1992 году она переросла в создание полноценного вуза – Высшей школы экономики.
Они едва успели: Кузьминов был назначен ректором ВШЭ 27 ноября 1992 года, буквально последним постановлением правительства, подписанным Гайдаром (а последним подписанным им распоряжением, насколько можно судить, он отписал своему институту огромный комплекс зданий в Газетном переулке, рядом с Кремлем и Тверской улицей).