Тесное сотрудничество между Сирией и Северной Кореей началось с визита президента Северной Кореи Ким Ир Сена в Дамаск в 1990 году. Во время этого визита по инициативе президента Сирии Хафеза Асада две страны подписали соглашение о военном и технологическом сотрудничестве. Несмотря на то что на переговорах между главами двух государств обсуждалась и ядерная тема, Асад в это время придавал ей лишь второстепенное значение. В первую очередь он уделял внимание разработке химического и биологического оружия. В феврале 1991 года, во время операции «Буря в пустыне», в Сирию из Северной Кореи была доставлена первая партия ракет «Скад». Информация о существовании ракет дошла до министра обороны Израиля Моше Аренса. Несколько армейских генералов рекомендовали нанести военный удар, чтобы уничтожить «Скады» до того, как они поступят на вооружение. Аренс отверг эту идею, желая избежать еще одного военного конфликта в регионе.

На похоронах Хафеза Асада в июне 2000 года его сын и преемник Башар Асад встретился еще с одной северокорейской делегацией. Стороны тайно обсудили строительство ядерного объекта в Сирии под руководством сирийского Центра научных исследований. В июле 2002 года в Дамаске состоялась еще одна секретная встреча с участием высокопоставленных должностных лиц Сирии, Ирана и Северной Кореи, на которой было достигнуто трехстороннее соглашение. Северная Корея построит ядерный реактор в Сирии, который будет финансироваться Ираном. Стоимость всего проекта, от чертежной доски до производства оружейного плутония, оценивалась в 2 миллиарда долларов.

Ни ЦРУ, ни Моссад ничего не знали о сирийском проекте в течение следующих пяти лет — несмотря на то что связанная с ним отрывочная информация периодически поступала из Дамаска. Время от времени вспыхивали предупредительные сигналы, но их игнорировали. Американские разведывательные службы не смогли оценить значение накопленной ими информации, в то время как Моссад и Аман ошибочно полагали, что Сирия не имеет ни возможности, ни желания получить ядерное оружие. Никто не пытался оспорить столь ошибочное мнение, хотя для этого имелись все основания. В 2005 году грузовое судно Andorra, перевозившее цемент из Северной Кореи в Сирию, затонуло недалеко от израильского прибрежного города Нагария; в 2006 году второе северокорейское грузовое судно, шедшее под панамским флагом, было задержано на Кипре, снова с грузом цемента и портативной радиолокационной станцией; в обоих случаях «цемент», разумеется, был оборудованием для ядерного реактора. Наконец в конце 2006 года иранские ядерные эксперты посетили Дамаск, чтобы проинспектировать ход строительства объекта. Израильские и американские спецслужбы знали об этом визите, но не связали его с проектом, реализуемым в окрестностях Дейр-эз-Зора.