Наиболее подготовленные в инженерном отношении оборонительные рубежи противника находились перед центром и левым крылом 1-го Украинского фронта. Здесь в тактической зоне обороны глубиной 18 км имелись многочисленные искусственные заграждения. В оперативной глубине вдоль всей германо-чехословацкой границы по рубежу Рудных и Судетских гор размещались бетонированные укрепления. В полосах 4-го и 2-го Украинских фронтов перед советскими войсками находились лишь оборонительныве сооружения полевого типа.

Командующий войсками 1-го Украинского фронта Маршал Советского Союза И.С. Конев решил главный удар нанести в направлении Праги силами трех армий (13-я, 3-я гвардейская, 5-я гвардейская), двух танковых армий (3-я и 4-я гвардейские), двух танковых и кавалерийского корпусов, шести авиационных корпусов, пяти артиллерийских дивизий прорыва (21 стрелковая дивизия, 5680 орудий и минометов, 1040 танков и САУ, 1900 самолетов). Другие удары намечались: первый из района северо-западней Герлица с целью рассечения группировки врага (28-я и 52-я армии, один механизированный корпус); второй — для обхода Дрездена с юго-востока (2-я армия Войска Польского).

В соответствии с решением командующего войсками 2-го Украинского фронта Маршала Советского Союза Р.Я. Малиновского и уточнениями Ставки ВГК в состав главной ударной группировки, которая переходила в наступление из района Брно навстречу 1-му Украинскому фронту, вошли 53-я, 7-я и 9-я гвардейские, 46-я армии, 6-я гвардейская танковая армия и 1-я гвардейская конно-механизированная группа. На направление другого удара, наносимого на Оломоуц, выделялась 40-я армия.

Навстречу ей с севера и северо-востока наносили удар 60-я и 38-я армии 4-го Украинского фронта (генерал армии А.И. Еременко). После окружения немецкой 1-й танковой армии в оломоуцком выступе предусматривалось развернуть наступление на Прагу с востока всеми его силами. Для овладения столицей Чехословакии создавалась подвижная группа в составе усиленного 31-го танкового корпуса.

Подготовка операции осуществлялась в крайне ограниченные сроки. При этом предстояло провести крупную перегруппировку сил и средств. Только на 1-м Украинском фронте в ней были задействованы пять армий, в том числе две танковые, а также ряд отдельных корпусов. Сложные задачи пришлось решать полевому управлению 2-го Украинского фронта. Ему пришлось выводить из сражения и перемещать на новое направление 6-ю гвардейскую танковую армию и 1-ю гвардейскую конно-механизированную группу, принимать в свой состав и выводить в первый эшелон 9-ю гвардейскую армию, организовывать переброску 53-й и 40-й армий с целью занятия исходного положения для наступления. Немаловажным условием, требовавшим ускорить начало операции, являлось начавшееся в Праге 5 мая вооруженное восстание. Стремясь подавить его, оккупанты применили против чехословацких патриотов артиллерию, танки и авиацию.