С течением времени, однако, между Арафатом и Аббасом все чаще возникали конфликты, связанные с распределением властных полномочий, главным образом по вопросам национальной безопасности. Аббас считал целесообразным взять действия боевиков под жесткий контроль и при этом демонстрировать терпение и добрую волю в ходе переговоров как с израильтянами, так и с американцами. Такой подход был ненавистен “Хамасу”, “Исламскому джихаду” и другим радикальным палестинским группировкам раскольнического толка. С целью недопущения междоусобных столкновений Аббас предпринимал попытки вести переговоры с этими группировками, и поначалу эти попытки увенчались успехом: ему удалось получить от них заверения относительно прекращения террористических нападений на израильтян. Однако несколько недель спустя после принятия таких обязательств они возобновили теракты против мирного населения Израиля — на что израильские военные ответили точечными ликвидациями. Тогда Аббас потребовал от Арафата предоставить ему полный контроль над палестинскими силами безопасности — намереваясь предпринять самые решительные меры против воинственных и террористически настроенных элементов. Арафат ответил резким отказом, после чего принялся поощрять выступления против своего премьер-министра, принимавшие разную форму — от митингов и демонстраций до угроз убийства. В сентябре 2003 г., убедившись в уязвимости своей позиции, Аббас подал в отставку. Палестинцы же остались “при своих”: политическая изоляция, израильские репрессивные меры и углубление экономической пропасти.

Прошел год, и смерть Арафата освободила пост председателя Палестинской автономии. Буквально через две недели Революционный совет партии ФАТХ одобрил кандидатуру Махмуда Аббаса на этот пост (выборы были назначены на 9 января 2005 г.). Снова, как и во время его предыдущего пребывания на посту премьер-министра, Аббас выступил с призывом к прекращению беспорядков и предложил вернуться к “мирному сопротивлению”— иными словами, к переговорам с израильским правительством. Его программа нашла отклик у палестинского “молчаливого большинства”, поскольку народ явно устал от интифады и от связанных с нею израильских мер возмездия и больше всего ему хотелось проведения политических и экономических реформ. Аббас победил на выборах с огромным перевесом голосов. Сразу же после своего вступления в должность новый председатель Палестинской автономии предусмотрительно почтил память шахида (“мученика”) Ясира Арафата и торжественно пообещал защиту “борцам за свободу”, которых израильтяне преследуют в качестве “так называемых террористов”. Но вслед за тем он дал внятно понять палестинскому народу, что “малый джихад окончен, и теперь нам предстоит большой джихад, битва за достижение внутренней безопасности и экономического роста”.