И наконец, общему состоянию дел в общине репатриантов из Эфиопии отнюдь не способствовала позиция, занятая Верховным раввинатом Израиля, члены которого давно уже высказывали сомнения относительно того, можно ли считать фалаша евреями. Так, они потребовали, чтобы по прибытии фалаша в Израиль женщины проходили специальную процедуру обращения в иудаизм, предусматривавшую погружение в микву, а мужчины подвергались повторному символическому обрезанию, для чего делался легкий надрез, достаточный для появления нескольких капель крови. Хотя поначалу большинство эфиопских евреев безропотно подчинились этим требованиям, со временем их противодействие начало усиливаться. Еще в дни первой волны их прибытия (в 1985 г.) группа фалаша разбила палатку протеста у входа в здание Верховного раввината в Иерусалиме, и в течение двух месяцев они демонстрировали свое негодование по поводу этих унизительных процедур. Под воздействием общественности раввинат отменил требование относительно повторного обрезания; тем не менее израильские раввины по-прежнему отказывались проводить церемонию бракосочетания, пока и жених, и невеста не посетят микву. В 1989 г., в связи с непрекращающимися протестами, Верховный суд Израиля принял решение поручить проведение брачных церемоний для фалаша главному сефардскому раввину Нетании, известному широтой своих взглядов, который не требовал от вступавших в брак обязательного посещения миквы.

К концу XX в., когда ситуация в общине в целом стабилизировалась (в частности, уменьшилось число самоубийств фалаша, проходивших воинскую службу), было выявлено новое обстоятельство, оказавшее крайне негативное воздействие на интеграцию эфиопских евреев. Оказалось, что многие фалаша инфицированы вирусом иммунодефицита (ВИЧ). И вот на фоне этой информации в прессе появились сообщения, что руководители системы израильского здравоохранения отдали негласное распоряжение уничтожить все запасы донорской крови, сданной эфиопскими евреями. Возмущенные фалаша и защитники их прав выступили с обвинениями властей в расизме, и тысячи протестующих устроили в январе 1996 г. демонстрацию возле канцелярии премьер-министра Переса. Специально созданная государственная комиссия рассмотрела этот вопрос и приняла решение, отменявшее запрет фалаша на сдачу донорской крови, если для этого не существует медицинских противопоказаний. Эта неприглядная история, однако, имела неожиданное и благоприятное продолжение. Девять лет спустя, когда в Эфиопии свирепствовал СПИД, американский еврей Ричард Шифтер, известный вашингтонский юрист, представлявший в свое время США в Комиссии ООН по правам человека, выступил с предложением: учитывая опыт, накопленный израильскими врачами в деле лечения ВИЧ-инфицированных фалаша, устроить в израильских больницах постоянно действующий семинар для врачей и медсестер из Эфиопии (при финансовой и организационной поддержке Государственного департамента США). Этот проект способствовал росту авторитета Израиля — и, разумеется, США — в Эфиопии.