Начиная с XVI века обвинения в ритуальном убийстве, однако, становятся все более редкими, если говорить о Западной и Центральной Европе. Возникновение лютеранства, отвергавшего пресуществление, подорвало теологические основы кровавого навета; этому способствовало также появление христианских ученых, способных читать древнееврейские тексты в оригинале. Кроме того, судебные органы в германоязычных странах отвергали физическое давление и пытки как способ получения признания – а между тем они традиционно служили для доказательства «истинности» кровавого навета. Конечно, некоторые протестантские теологи и интеллектуалы продолжали верить в совершение евреями ритуальных убийств, но в целом существование кровавого навета теперь считалось бесспорным лишь в католических странах Европы, особенно в Речи Посполитой, где к XVII веку сосредоточилась основная масса европейских евреев[6]. Евреи постепенно мигрировали на восток: причиной стали законодательные акты об их изгнании, принимавшиеся в германских государствах, и экономические возможности, которые предоставляла Восточная Европа. С ними перемещался и миф о кровавом навете.

Недавние исследования показывают, что представления о кровавом навете владели умами священников и мирян Восточной Европы еще много столетий спустя после того, как они стали исчезать в западных странах [Maciejko 2010; Guldon, Wijaczka 1995; Węgrzynek 1995; Tollet 2000; Šiaučiūnaitė-Verbickienė 2008; Wijaczka 2003]. По словам М. Тетер, обвинения в ритуальном убийстве стали распространяться в Речи Посполитой на протяжении XVI века и выдвигались в ее восточных областях вплоть до конца XVIII века. Тетер также отмечает, что случаи кровавого навета отмечались в западных областях страны в течение XVII и XVIII веков, заменив собой обвинения в ритуальном осквернении гостии. До XVII века дела об осквернении гостии в массовом порядке рассматривались как церковными, так и светскими судами на Святой неделе. Однако в XVII и XVIII веках евреев чаще обвиняли в ритуальном убийстве, а не в святотатстве [Teter 2011: 183, 209–210].

XIX век принес новый всплеск обвинений в ритуальном убийстве, если говорить о Центральной Европе. Только в 1890-х годах было отмечено 79 таких случаев, преимущественно в Германии и Австро-Венгрии (Венгрия, Богемия, Моравия), но также в Болгарии, Сербии и Румынии, причем обвинения выдвигались и протестантами, и католиками, и православными [Walser Smith 2002: 123]. В этом же столетии миф о ритуальном убийстве приобрел определенную популярность в США [Rockaway, Gutfeld 2002: 355–381].