Кларк вспоминал: «Не прошло и одиннадцати месяцев, как мы начали — в апреле 1965. Стэнли придумал название «2001: A Space Odyssey». Насколько я помню, это была полностью его идея». Кубрика для названия вдохновил эпос Гомера «Одиссея»: «Это было для нас… то, что для греков были безбрежные моря, то для нашего поколения такая же тайна — космос». В 2000 году Yahoo Entertainment сообщили, что MGM и Том Хэнкс обсуждали вопрос превращения «2061: Одиссея-3» и «3001: Последняя одиссея» в фильмы (Хэнкс должен был сыграть Фрэнка Пула в фильме 3001). В обновленной информации от 2001 г. сообщалось, что дальнейшего развития проект так и не получил.

Кубрик показывает солнечное затмение совершенно открыто в эпизоде находки монолита гоминидами. При этом мастер режиссерской и операторской работы перфекционист Кубрик показывает это затмение с такой перспективы, что черный монолит при положении камеры внизу его кажется пирамидой, а затмение образует всевидящее око в контурах верхушки этой пирамиды, как это обычно изображается в масонской иконографии. Такой выбор показа монолита и затмения не случаен. У Стэнли Кубрика в фильмах нет места случайностям. Режиссер был известен своим маниакальным перфекционизмом, когда он заставлял съемочную команду переснимать сцены в сотнях дублей, пока не достигал нужного ему эффекта. Космическая станция V выглядит с некоторых ракурсов так, как Луна и Солнце, готовящиеся слиться в затмении. Кубрик применяет прием с демонстрацией затмения и короны расширяющимися зрачками глаз, который впоследствии использовали и другие режиссеры. В фильме показана смерть и рождение, вечный цикл, который символизирует древний символ Уроборос — змея, кусающая собственный хвост. В фильме «Senior Trip» 1981 года, который в СССР в прокате не шел, поэтому точный русский аналог названия неизвестен, показана пара, забирающаяся на смотровую площадку на башне-близнеце ВТЦ в Нью-Йорке, и при этом звучит саундтрек из Космической одиссеи «Так говорил Заратустра» (нем. Also sprach Zarathustra) — симфоническая поэма композитора Рихарда Штрауса. Поэма была написана им в 1896 году под впечатлением от книги «Так говорил Заратустра» Фридриха Ницше. Таким образом, малоизвестный режиссер этого фильма показал связь между циклом смерти-рождения и башнями-близнецами, которые также символизируют рождение Христа, его распятие и воскресение в виде построенной и открытой 3 ноября (311) 2014 года башни «ВТЦ Единого мира» (One World Trade Center) на месте разрушенных башен-близнецов.

В «Космической одиссее 2001 года» впервые появляется доктор Хейвуд Р. Флойд, руководитель миссии по исследованию инопланетного Монолита, обнаруженного на Луне. После событий, имевших место в фильме «2001 год: Космическая Одиссея», он становится главным героем в фильме «2010 год: Одиссея-2» и «2061: Одиссея-3». Флойд, по сюжету, родился в 1956 году в США и к 1999 году стал председателем Национального совета по астронавтике, курируя все американские космические полеты. У него две дочери, он овдовел после того, как его жена Мэрион погибла в авиакатастрофе. В 2010 году, в год установления контакта, у Флойда уже новая жена и пятилетний сын по имени Кристофер. Флойда сыграли Уильям Сильвестр в киноверсии фильма «2001: Космическая одиссея» и Рой Шайдер в «2010 год: Год установления контакта». Вероятно, скептики скажут: Флойд — распространённые имя и фамилия, и даже тот факт, что Кубрик был известен многоуровневым кодированием своих фильмом, не свидетельствует о том, что эти имя и фамилия могут означать нечто особенное. Однако в «Космической одиссее 2001 года» есть сцена собрания, которое ведет доктор Флойд, и Кубрик показывает Флойда перед столом таким образом, что он становится той самой вершиной пирамиды, как и прежде затмение и корона над пирамидой черного монолита. В 1973 году знаменитая рок-группа «Пинк Флойд» выпускает альбом «The Dark Side of the Moon» (Темная сторона Луны). На обложке альбома изображена пирамида и луч света, который после преломления в призме пирамиды становится радугой. Угловой радиус окружности составляет 42 градуса. Для наблюдателя на Земле радуга обычно выглядит как дуга окружности, чем ниже солнце над горизонтом, тем ближе дуга к половине окружности, а высота верхушки радуги над землёй — к 42 градусам. Иными словами, радуга лучше всего заметна именно при таком градусе наблюдения. Кубрик, очевидно, придает этому факту особое значение, и мы видим 4 и 2 барных стула в сцене из «Сияния» с Джеком Николсоном 1980 года по роману Стивена Кинга, мы встречаем ателье проката «Радуга» в «Широко закрытых глазах» 1999 года — последнем фильме режиссера. Там же героя Тома Круза в сцене на банкете уводят 2 девушки, с вопросом: «Не хотите узнать, где заканчивается радуга?» В книге «Автостопом по галактике» (англ. The Hitchhiker’s Guide to the Galaxy) английского писателя Дугласа Адамса суперкомпьютер выдал ответ на заданный вопрос о смысле жизни — 42. Радуга и 42 неразрывны в кодировках, начиная с «Волшебника страны Оз» и Дороти, отправившейся в путь «за радугу». Имя Dorothy суммируется в 4 + 6 + 9 + 6 + 2 + 8 + 7 = 42(в редуц. гематрии).