После того как были репрессированы основные руководители ракетного института, по приказу Сталина его возглавил Борис Михайлович Слопимер. Он сумел с уцелевшими сотрудниками воссоздать разработки и наладить дальнейшее конструирование. Под его руководством РНИИ успешно действовал всю войну. Борису Слопимеру было присвоено звание Героя Социалистического Труда, он награжден пятью орденами, в том числе — тремя боевыми.

Первыми были выпущены реактивные снаряды РС-82, которые подвешивались к истребителям И-15, И-16. Они были впервые опробованы в 1939 году во время боев в Монголии, показали высокую эффективность. В 1941 году Л.Э.Шварц и И.И.Гвай стали лауреатами Сталинской премии.

В дальнейшем конструкторская группа Шварца доработала конструкцию 132-миллиметрового реактивного снаряда, и уже к началу войны созданы были осколочно-фугасные PC-13, имевшие дальность полета 8,5 км и боевую часть весом в 5 кг. Пусковую установку для этих снарядов разработала конструкторская группа И.И.Гвая. Она состояла из 16 направляющих, установленных на автомобиле повышенной проходимости ЗИС-6. Установка получила наименование «Боевая машина 13» (сокращенно — БМ-13).

Но хотя БМ-13 в опытных образцах были готовы еще в 1939 году и прошли полигонные испытания, первые две серийные установки были собраны на заводе им. Коминтерна в Воронеже только 30 июня 1941 года, когда уже шла война. Первые три батареи отправились на фронт уже в июле. Их боевая эффективность стала очевидной после первых же залпов. Огонь установок в течение 8-10 секунд наносил врагу огромный урон в живой силе и технике, оказывая к тому же сильнейшее психологическое воздействие на личный состав. Новое оружие быстро завоевало большую популярность и авторитет среди бойцов и командиров, и его прозвали «катюшей».

В начале августа 1941 года на вооружение Красной армии поступила реактивная установка со снарядом РС-82, ранее предназначавшимся для вооружения самолетов. Пусковую установку для этого снаряда в короткий срок разработала конструкторская группа, которой руководил Ю.С.Эндека. Установка имела 36 направляющих на шасси автомобиля ЗИС-6 и получила индекс БМ-8-36.

В 1943 году группой сотрудников ЦАГИ в составе профессоров Ф.Р.Гантмахера и Л.М.Левина, а также инженер-майора Я.Б.Шора были созданы новые, вращающиеся в полете, реактивные снаряды улучшенной кучности М-13-УК и М-31-УК. Благодаря вращению их рассеивание существенно уменьшалось, причем настолько, что плотность огня в залпе возросла для снаряда М-13 в три раза, а для М-31 — в 6,5 раз. Огневые возможности реактивной артиллерии значительно выросли. За эту разработку ее авторы стали лауреатами Сталинской премии.