Израильские войска в Синае были сведены в три дивизионные группы, по 3–4 бригады со средствами усиления в каждой группе. Правофланговой группой, насчитывавшей до 300 танков — английских «центурионов» и американских «шерманов» времен Второй мировой войны, на которых израильтяне установили 105-миллиметровые пушки, командовал генерал Исраэль Таль. Его бригады были в основном кадровыми, но и выполняли они наиболее сложную задачу — прорыв вдоль побережья Средиземного моря к Суэцкому каналу в общем направлении на Порт-Саид и Кантару.

Центральной группой командовал генерал Авраам Иоффе. И он сам, и его солдаты были резервистами, но задачу имели сложнейшую: прорваться через считавшуюся непроходимой пустыню к перевалам и отрезать пути отхода египетской армии.

Левофланговая группа под командованием генерала Ариэля Шарона с началом военных действий наступала в общем направлении на Исмаилию, стремясь возможно быстрее выйти к Каналу.

Таким образом, план операции предусматривал нанесение, по сути, лобовых ударов, что не свойственно израильтянам и не ожидалось от них египетскими полководцами. Тем не менее этот план был выполнен: взломаны оборонительные линии в полосе Рафи-ях-Кусейма и обойдены многие укрепленные позиции египтян.

Затем израильские танковые бригады рывком продвинулись в глубь Синая. И наконец, захватом горных проходов, и прежде всего — 28-километровой «трубы» Митле, отрезав и заперев египтян в пустыне, израильские бригады вышли к Суэцкому каналу на всем его протяжении, от Порт-Саида на севере до Суэца на юге. Наступая по сходящимся направлениям, они встретились с захватившими Шарм-а-Шейх частями, отрезав противника от Красного моря.

После этого на четвертый день военных действий операция в Синае была завершена. Египтяне потеряли около 15 тысяч человек; 5 тысяч солдат и более 500 генералов и офицеров попали в плен, при том, что основную массу разгромленной армии в плен брать не стали, наоборот — помогли переправиться через Канал в Египет. Египтяне оставили в Синае около 800 танков, из которых почти 300 — в исправном состоянии, 250 советских полевых и самоходных орудий, более 10 тысяч бронетранспортеров, артиллерийских тягачей и автомобилей. Было захвачено множество складов и армейских баз с боеприпасами и военным снаряжением. Израильские потери на Южном фронте составили 300 убитых и более тысячи раненых.

Третьим этапом был разгром вооруженных сил Иордании. Война с ней была для Израиля крайне нежелательной, и его руководство сделало все возможное для того, чтобы она не состоялась. Однако король Хусейн поверил лживым сообщениям египетского президента Насера, который утром заверил его: «Сбиты десятки израильских самолетов, египетские летчики обрушились на их города, а египетские танки уже несутся по Негеву на соединение с иорданской армией в горах Хеврона!» Король Иордании попался на удочку, отдал приказ, и в 11 часов 5 июня его артиллерия открыла огонь по Тель-Авиву, а сухопутные части двинулись в наступление.